過糞管安裝的位置關系到糞便流動方向，流程長短，是否有利于厭氧和能否有效阻流糞皮、糞渣、以及保持一、二池的有效容積，新鮮糞便進入糞池后，多集中在上層形成糞皮，然后逐漸疏松崩解，比重較大的下沉形成糞渣，糞皮與糞渣之間為稀糞液。寄生蟲卵一般都集中在糞皮和糞渣中，因此，過糞管位置要放在寄生蟲卵較少的中層糞液。過糞管位置較好的設置應分別斜插安裝在兩堵隔墻上：其中 一池到 二池過糞管下端位置在 一池的下1/3處，上端在 二池距池頂100mm左右： 二池到 三池過糞管下端位置在 二池的下端1/3或中部1/2處、上端在 三池距池頂100左右，過糞管與隔墻的水平夾角應呈60度。