①農(nóng)藥殘留檢測儀器：主要是氣相色譜儀(GC)加液相色譜儀(HPLC)輔助檢測，當物質(zhì)較為簡單時，用氣相色譜與質(zhì)譜聯(lián)用儀(GC–MS)定性檢測，當基質(zhì)較為復雜時，用 LC–MS 甚至用 GC–MS–MS 確證。

②有害化合物殘留、漁藥和獸藥殘留檢測儀器：由于這類殘留物較復雜，一般用液相色譜儀進行檢測為主，以氣象色譜儀、離子色譜(IC)、薄層色譜(TLC)等輔助檢測。當需要做多種殘留快的速檢驗，幾乎均用 LC–MS–MS。

③有害元素及其價態(tài)的檢測儀器：常用的檢測儀器是原子熒光光譜儀(AFS)、原子吸收光譜儀(AAS)、電感耦合等離子光譜儀(ICP)和具有更高靈敏度的 ICP–MS；為鑒定元素的價態(tài)，一般采用元素分析儀與各種色譜分離系統(tǒng)聯(lián)用。

④病源性檢測儀器：傳統(tǒng)的檢測儀器是用鏡檢和菌落計數(shù)器等，目前用于、致病菌鑒定的儀器有六種以上。廣為應用的儀器包括基因檢測儀器、碳源代謝利用率檢測儀器、生物芯片技術(shù)平臺、基于表面等離子諧振(SPR)儀器及基于特征脂肪酸譜的儀器。