中國醫(yī)學科學院阜外醫(yī)院始建于1956年，是一所集醫(yī)療、科研、預防和人才培養(yǎng)于一體的三級甲等?？漆t(yī)院，是北京市醫(yī)保定點單位。

2021年8月，中國醫(yī)學科學院阜外醫(yī)院實驗診斷中心被評選為第20屆全國青年文明號。

2021年11月20日，入選2020年度中國醫(yī)院綜合排行榜。2021年12月3日，門頭溝區(qū)政府與中國醫(yī)學科學院阜外醫(yī)院簽署戰(zhàn)略合作框架協議，共同推動首批國家醫(yī)學中心阜外西山院區(qū)落地門頭溝。

醫(yī)院總用地面積5.53萬平方米，總建筑面積15.7萬平方米；預防研究區(qū)（門頭溝西山園區(qū)）總用地面積7.33萬平方米，總建筑面積目前為3.7萬平方米，未來將達到9.2萬平方米。醫(yī)院設有36個病房，26個手術室（其中包含5個復合技術手術室），17個導管室，1521張編制床位數，實際開放床位數1291張。在職員工3571人，中高級職稱專業(yè)技術人員1440人（數據截至2020年12月31日）。同時，配備有血管造影機、雙源CT、核磁共振、PET-CT等與世界接軌的醫(yī)療科研設備。

醫(yī)院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫(yī)療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環(huán)中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫(yī)學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫(yī)技科室。

阜外醫(yī)院現有在職員工3833人，截至目前累計培養(yǎng)了院士6人，、省部級有突出貢獻專家28人，享受政府津貼83人，中高級職稱專業(yè)技術人員1709人。同時，阜外醫(yī)院配備有血管造影機、雙源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模態(tài)數字化手術室等與世界接軌的醫(yī)療科研設備。