醫(yī)院設(shè)有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內(nèi)分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫(yī)療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術(shù)后恢復(fù)中心、麻醉中心、體外循環(huán)中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫(yī)學(xué)影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫(yī)技科室。

阜外醫(yī)院始建于1956年，2009年中央編辦批復(fù)成立國家心血管病中心，正式形成“中心—醫(yī)院”一體化格局。本部阜成門院區(qū)總用地規(guī)模5.53萬平方米，總建筑面積15.7萬平方米；門頭溝西山院區(qū)總用地規(guī)模7.33萬平方米，其中西山一期建筑面積3.7萬平方米；西山二期項目建設(shè)正在加速推進(jìn)，建筑面積5.62萬平方米。

阜外醫(yī)院現(xiàn)有在職員工3833人，截至目前累計培養(yǎng)了院士6人，、省部級有突出貢獻(xiàn)專家28人，享受政府津貼83人，中高級職稱專業(yè)技術(shù)人員1709人。同時，阜外醫(yī)院配備有血管造影機(jī)、雙源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模態(tài)數(shù)字化手術(shù)室等與世界接軌的醫(yī)療科研設(shè)備。

全國基層高血壓防治管理項目作為國家基本公共衛(wèi)生服務(wù)重點項目之一，自2017年在中心成立項目辦公室以來，先后發(fā)布《國家基層高血壓防治管理指南》（2017版、2020版）和《國家基層高血壓防治管理手冊》，培訓(xùn)超過235萬名醫(yī)務(wù)人員（其中基層醫(yī)務(wù)人員占80%）。通過新媒體傳播途徑向公眾傳播健康生活方式醫(yī)學(xué)理念和方法，覆蓋民眾2500余萬人。建立了一套相對完善的高血壓評價體系，以統(tǒng)一的七級管理數(shù)據(jù)分析質(zhì)控平臺，推動基層管理質(zhì)量“持續(xù)改善”。該平臺已管理重點聯(lián)系點地區(qū)的1.8萬個基層醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)的438萬高血壓患者。開發(fā)適合基層的高血壓管理輔助診療工具（1.0版、2.0版），并通過持續(xù)開展降壓效果調(diào)研評價工作，探索防控新模式。