北京兒童醫(yī)院共有在職職工3210人，其中醫(yī)生968人，護士1325人，醫(yī)技462人。正高級職稱292人，副高級職稱380人，中級職稱692人。醫(yī)院擁有中國現(xiàn)代兒科學奠基人諸福棠、中國兒童血液腫瘤學開創(chuàng)者胡亞美、中國小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國內兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀百千萬人才工程人選、國家杰出青年科學基金獲得者等眾多高層次人才。

目前科室開展異基因造血干細胞移植和自體造血干細胞移植，異基因造血干細胞移植包括HLA配型全相合移植和半相合(單倍體)移植，干細胞來源包括骨髓、外周血、臍帶血。目前造血干細胞移植千余例，其中2/3為單倍體造血干細胞移植。病種包括白血病、淋巴瘤、神經母細胞瘤、再生障礙性貧血、噬血細胞綜合征、慢性EB病毒感染等兒童血液腫瘤疾病，也包括石骨癥、腦白質營養(yǎng)不良、免疫缺陷病等先天遺傳代謝性疾病。依托于國家兒童醫(yī)學中心多學科技術支持，對難治/復查白血病及腫瘤疾病、先天遺傳代謝病、免疫相關疾病、小年齡組患兒以及復雜重癥病例的移植經驗豐富，現(xiàn)為國內的石骨癥的移植中心，同時在噬血細胞綜合征及慢性活動性EB病毒感染及相關疾病的也處于國際水平。結合兒科病人的特點，相對于其他移植中心，更注重了對移植前后病人的生存質量、營養(yǎng)管理、生長發(fā)育的監(jiān)測及干預。設有由專業(yè)醫(yī)護、心理及醫(yī)務社工團隊組成的舒緩小組，對患兒進行疼痛癥狀管理，患兒及家長的心理疏導，進一步提高患兒的生存質量。

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北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗光配鏡中心、弱視訓練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。