醫(yī)院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫(yī)療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環(huán)中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫(yī)學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫(yī)技科室。

中國醫(yī)學科學院阜外醫(yī)院（以下簡稱阜外醫(yī)院），是三級甲等心血管病?？漆t(yī)院，目前正朝向綜合型醫(yī)院轉型發(fā)展。阜外醫(yī)院是國家心血管病中心所在地，是心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫(yī)學研究中心建設承擔單位，是獲得全國首批“輔導類”國家醫(yī)學中心和全國國家醫(yī)學中心實質落地項目建設單位，以診治各種復雜、疑難和重癥心血管疾病而享譽國內外，已成為世界上的心血管疾病診治中心和集醫(yī)療、科研、預防和人才培養(yǎng)于一體的醫(yī)學研究與教育中心。

阜外醫(yī)院現(xiàn)有在職員工3833人，截至目前累計培養(yǎng)了院士6人，、省部級有突出貢獻專家28人，享受政府津貼83人，中高級職稱專業(yè)技術人員1709人。同時，阜外醫(yī)院配備有血管造影機、雙源CT、核磁共振、PET-CT、回旋加速器、心血管多模態(tài)數(shù)字化手術室等與世界接軌的醫(yī)療科研設備。

世界上規(guī)模的心血管疾病診治中心

伴隨2006年阜外醫(yī)院內科介入診療總量首次破萬、2011年外科手術總量首次破萬，阜外醫(yī)院成為世界范圍內內、外科手術量均突破萬例的特大心血管疾病診療中心。

2023年全年門診942966人次，急診46470人次，急診危重癥搶救19529人次；出院85842人次，床位周轉65.44次，床位使用率98.87%，平均住院日5.47天，死亡率0.15%。住院外科手術18874人次，內科介入手術56223例、射頻消融9559例、起搏器植入術2063例。在醫(yī)療服務數(shù)量持續(xù)增長的同時，患者平均住院日、手術死亡率、出院患者死亡率等多項醫(yī)療質量評價指標優(yōu)異。阜外醫(yī)院在國家三級公立醫(yī)院績效考核（其他?？剖中g組）中連續(xù)五年排名，繼續(xù)保持?？漆t(yī)院等級A等，CMI值（代表收治病例疑難復雜度的病例組合指數(shù)）連續(xù)五年排名。