醫(yī)院設有冠心病中心、心律失常中心、急重癥中心、心力衰竭中心、肺血管病中心、高血壓中心、臨床藥理中心、血脂異常與心血管病診治中心、內(nèi)分泌與心血管病診治中心、血栓性疾病診治中心、特需醫(yī)療中心、成人外科中心、血管外科中心、小兒外科中心、術后恢復中心、麻醉中心、體外循環(huán)中心、放射影像中心、超聲影像中心、核醫(yī)學影像中心、功能檢測中心、臨床檢驗中心等臨床和醫(yī)技科室。

中國醫(yī)學科學院阜外醫(yī)院（以下簡稱阜外醫(yī)院），是三級甲等心血管病專科醫(yī)院，目前正朝向綜合型醫(yī)院轉(zhuǎn)型發(fā)展。阜外醫(yī)院是國家心血管病中心所在地，是心血管疾病國家重點實驗室、國家心血管疾病臨床醫(yī)學研究中心建設承擔單位，是獲得全國首批“輔導類”國家醫(yī)學中心和全國國家醫(yī)學中心實質(zhì)落地項目建設單位，以診治各種復雜、疑難和重癥心血管疾病而享譽國內(nèi)外，已成為世界上的心血管疾病診治中心和集醫(yī)療、科研、預防和人才培養(yǎng)于一體的醫(yī)學研究與教育中心。

阜外醫(yī)院始建于1956年，2009年中央編辦批復成立國家心血管病中心，正式形成“中心—醫(yī)院”一體化格局。本部阜成門院區(qū)總用地規(guī)模5.53萬平方米，總建筑面積15.7萬平方米；門頭溝西山院區(qū)總用地規(guī)模7.33萬平方米，其中西山一期建筑面積3.7萬平方米；西山二期項目建設正在加速推進，建筑面積5.62萬平方米。

打造了全國性心血管疾病資訊平臺

中國心臟大會前身為北京國際心血管病論壇，自2004年首次舉辦至今已連續(xù)舉辦二十屆，通過搭建全球性的心血管疾病防治學術交流的舞臺，促進國內(nèi)外業(yè)界同行互融互通，營造良好行業(yè)氛圍。自2005年起，阜外醫(yī)院已連續(xù)18年對外發(fā)布《中國心血管健康與疾病報告》，充分發(fā)揮咨詢平臺和專家智庫的作用，為我國心血管防治研究提供技術指導與評價，為政府制定相關政策與策略提供決策依據(jù)。除此之外，阜外醫(yī)院制定《高血壓防治基層實用指南》《中國高血壓防治指南》和《中國成人血脂異常防治指南》《心臟性猝死的標準》等行業(yè)規(guī)范文件。