醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學科作用，領航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年牽頭組建北京兒童醫(yī)院集團，創(chuàng)新“病人不動、醫(yī)生移動”的模式服務全國患兒，目前理事單位成員已達57家。醫(yī)院與美國、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國、法國、日本、新加坡等國家的兒童醫(yī)療機構和科研院所建立了良好的關系和廣泛的合作，是科技部認定的兒童重大疾病國際科技合作基地。

醫(yī)院以病人為中心，全心全意為兒童服務，大力弘揚“公慈勤和”院訓精神，涌現(xiàn)出全國道德模范、全國共產(chǎn)黨員賈立群同志等杰出代表。醫(yī)院堅持公益，始終“關注兒童、關注健康”，成立“北京兒童健康基金會”，扶助困難家庭患兒就醫(yī);組織醫(yī)療骨干參加援疆援藏任務、“人才京郊行”、大型義診活動，為偏遠地區(qū)和基層單位的兒童送醫(yī)、送藥、送健康;開展免費救治西藏先心病、唇腭裂患兒活動，舉辦血友病、糖尿病、白血病兒童夏令營，讓患兒感受到社會的溫暖。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗光配鏡中心、弱視訓練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。