醫(yī)院技術(shù)力量雄厚。擁有重點學(xué)科兒科學(xué)，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點專科，5個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫(yī)療中心。醫(yī)院設(shè)有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內(nèi)地位，是中華醫(yī)學(xué)會兒科學(xué)分會、兒外科分會，中國醫(yī)師協(xié)會小兒外科醫(yī)師分會，中華護理學(xué)會兒科專業(yè)委員會主任委員單位。

醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點學(xué)科和教學(xué)團隊，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)，護理大專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

北京兒童醫(yī)院先后獲得“全國文明單位”“首都文明單位標(biāo)兵”“首都文明服務(wù)示范窗口”“?？漆t(yī)院”“雙十佳人民滿意醫(yī)院”“北京三甲醫(yī)院”榮譽稱號及“首都勞動獎狀”“全國五一勞動獎狀”。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。