北京兒童醫(yī)院共有在職職工3210人，其中醫(yī)生968人，護(hù)士1325人，醫(yī)技462人。正高級(jí)職稱292人，副高級(jí)職稱380人，中級(jí)職稱692人。醫(yī)院擁有中國(guó)現(xiàn)代兒科學(xué)奠基人諸福棠、中國(guó)兒童血液腫瘤學(xué)開創(chuàng)者胡亞美、中國(guó)小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國(guó)內(nèi)兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻(xiàn)專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀(jì)百千萬(wàn)人才工程人選、國(guó)家杰出青年科學(xué)基金獲得者等眾多高層次人才。

北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學(xué)科作用，領(lǐng)航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年?duì)款^組建北京兒童醫(yī)院集團(tuán)，創(chuàng)新“病人不動(dòng)、醫(yī)生移動(dòng)”的模式服務(wù)全國(guó)患兒，目前理事單位成員已達(dá)57家。醫(yī)院與美國(guó)、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國(guó)、法國(guó)、日本、新加坡等國(guó)家的兒童醫(yī)療機(jī)構(gòu)和科研院所建立了良好的關(guān)系和廣泛的合作，是科技部認(rèn)定的兒童重大疾病國(guó)際科技合作基地。

多年來(lái)，為方便患者就醫(yī)，醫(yī)院始終堅(jiān)持24小時(shí)接診。醫(yī)院積極踐行公立醫(yī)院改革，推進(jìn)預(yù)約掛號(hào)工作，優(yōu)化服務(wù)流程，改善患者就醫(yī)體驗(yàn)，受到國(guó)家衛(wèi)生健康委的肯定和廣大群眾的認(rèn)可。醫(yī)院還承擔(dān)了上級(jí)部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災(zāi)支援、突發(fā)公共衛(wèi)生事件救治等醫(yī)療任務(wù)。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專業(yè)組，是國(guó)內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國(guó)北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個(gè)病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個(gè)病區(qū)共20間百級(jí)移植倉(cāng)，6間千級(jí)移植倉(cāng)，2個(gè)干細(xì)胞采集室，1個(gè)干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國(guó)北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長(zhǎng)駐北京和保定同時(shí)開展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。