醫(yī)院擁有教育部?jī)嚎茖W(xué)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科和教學(xué)團(tuán)隊(duì)，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授116人，承擔(dān)著本科及博士、碩士研究生、七年制兒科專(zhuān)業(yè)，護(hù)理大專(zhuān)及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動(dòng)站，每年為社會(huì)輸送大量?jī)嚎迫瞬拧?/p>

北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學(xué)科作用，領(lǐng)航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年?duì)款^組建北京兒童醫(yī)院集團(tuán)，創(chuàng)新“病人不動(dòng)、醫(yī)生移動(dòng)”的模式服務(wù)全國(guó)患兒，目前理事單位成員已達(dá)57家。醫(yī)院與美國(guó)、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國(guó)、法國(guó)、日本、新加坡等國(guó)家的兒童醫(yī)療機(jī)構(gòu)和科研院所建立了良好的關(guān)系和廣泛的合作，是科技部認(rèn)定的兒童重大疾病國(guó)際科技合作基地。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領(lǐng)導(dǎo)下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細(xì)胞移植專(zhuān)業(yè)組，是國(guó)內(nèi)早系統(tǒng)開(kāi)展兒童造血干細(xì)胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細(xì)胞移植病房基礎(chǔ)上，成立了北京兒童醫(yī)院干細(xì)胞移植科，同年 6月，干細(xì)胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國(guó)北方、保定的兒童造血干細(xì)胞移植中心，現(xiàn)干細(xì)胞移植科分為2個(gè)病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個(gè)病區(qū)共20間百級(jí)移植倉(cāng)，6間千級(jí)移植倉(cāng)，2個(gè)干細(xì)胞采集室，1個(gè)干細(xì)胞實(shí)驗(yàn)室，每年進(jìn)行150-250例造血干細(xì)胞移植，是目前我國(guó)北方的兒童造血干細(xì)胞移植中心，秦茂權(quán)帶領(lǐng)其團(tuán)隊(duì)分別長(zhǎng)駐北京和保定同時(shí)開(kāi)展干細(xì)胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專(zhuān)業(yè)門(mén)診、病房、醫(yī)技檢查、驗(yàn)光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺(jué)工作室為一體的綜合性?xún)和鄄≡\療中心，同時(shí)為北京市殘聯(lián)指定殘疾評(píng)估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。