醫(yī)院技術(shù)力量雄厚。擁有重點(diǎn)學(xué)科兒科學(xué)，國(guó)家兒童腫瘤監(jiān)測(cè)中心、國(guó)家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心、國(guó)家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點(diǎn)單位等12個(gè)平臺(tái)，8個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，5個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2個(gè)北京市級(jí)研究平臺(tái)以及16個(gè)市級(jí)醫(yī)療中心。醫(yī)院設(shè)有疑難罕見(jiàn)病例會(huì)診中心和遠(yuǎn)程會(huì)診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國(guó)內(nèi)地位，是中華醫(yī)學(xué)會(huì)兒科學(xué)分會(huì)、兒外科分會(huì)，中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)小兒外科醫(yī)師分會(huì)，中華護(hù)理學(xué)會(huì)兒科專(zhuān)業(yè)委員會(huì)主任委員單位。

北京兒童醫(yī)院積極發(fā)揮學(xué)科作用，領(lǐng)航兒科行業(yè)發(fā)展。2013年?duì)款^組建北京兒童醫(yī)院集團(tuán)，創(chuàng)新“病人不動(dòng)、醫(yī)生移動(dòng)”的模式服務(wù)全國(guó)患兒，目前理事單位成員已達(dá)57家。醫(yī)院與美國(guó)、俄羅斯、加拿大、意大利、澳大利亞、瑞典、德國(guó)、法國(guó)、日本、新加坡等國(guó)家的兒童醫(yī)療機(jī)構(gòu)和科研院所建立了良好的關(guān)系和廣泛的合作，是科技部認(rèn)定的兒童重大疾病國(guó)際科技合作基地。

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專(zhuān)業(yè)門(mén)診、病房、醫(yī)技檢查、驗(yàn)光配鏡中心、弱視訓(xùn)練、視感知覺(jué)工作室為一體的綜合性?xún)和鄄≡\療中心，同時(shí)為北京市殘聯(lián)指定殘疾評(píng)估、康復(fù)中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。

開(kāi)展的特色診療項(xiàng)目包括特發(fā)性眼球震顫等復(fù)雜斜視的手術(shù)及發(fā)病機(jī)制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術(shù)，兒童眼球震顫及白內(nèi)障術(shù)后個(gè)性化視覺(jué)功能重建，早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術(shù)、微創(chuàng)淚道重建術(shù)、鼻內(nèi)窺鏡鼻腔淚囊吻合術(shù)等復(fù)雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進(jìn)行額肌懸吊術(shù)兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創(chuàng)手術(shù)，視網(wǎng)膜母細(xì)胞瘤的個(gè)性化綜合， 360°微導(dǎo)管引導(dǎo)下小梁切開(kāi)術(shù)先天性青光眼等。