醫(yī)院技術力量雄厚。擁有重點學科兒科學，國家兒童腫瘤監(jiān)測中心、國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心、國家中西醫(yī)協(xié)同旗艦醫(yī)院試點單位等12個平臺，8個國家臨床重點?？疲?個北京市重點實驗室，2個北京市級研究平臺以及16個市級醫(yī)療中心。醫(yī)院設有疑難罕見病例會診中心和遠程會診中心，兒科疑難重癥疾病的診斷水平居國內(nèi)地位，是中華醫(yī)學會兒科學分會、兒外科分會，中國醫(yī)師協(xié)會小兒外科醫(yī)師分會，中華護理學會兒科專業(yè)委員會主任委員單位。

北京兒童醫(yī)院共有在職職工3210人，其中醫(yī)生968人，護士1325人，醫(yī)技462人。正高級職稱292人，副高級職稱380人，中級職稱692人。醫(yī)院擁有中國現(xiàn)代兒科學奠基人諸福棠、中國兒童血液腫瘤學開創(chuàng)者胡亞美、中國小兒外科創(chuàng)始人之一張金哲等國內(nèi)兒科界僅有的三位院士，以及突出貢獻專家、享受政府特殊津貼人員、新世紀百千萬人才工程人選、國家杰出青年科學基金獲得者等眾多高層次人才。

北京市級平臺：

北京市兒童外科矯形器具工程技術研究中心

兒童重大疾病北京市國際科技合作基地

◆ 北京市重點學科：

急救專業(yè)、普外專業(yè)、小兒白血病專業(yè)、中醫(yī)小兒脾胃病專業(yè)

◆ 北京市重點實驗室：

兒童耳鼻咽喉頭頸外科

兒童血液病與腫瘤分子分型

兒童呼吸道感染性疾病研究

兒童慢性腎臟病與血液凈化

出生缺陷遺傳學研究

北京兒童醫(yī)院眼科為擁有專業(yè)門診、病房、醫(yī)技檢查、驗光配鏡中心、弱視訓練、視感知覺工作室為一體的綜合性兒童眼病診療中心，同時為北京市殘聯(lián)指定殘疾評估、康復中心，并托管北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院、北京市順義區(qū)婦幼保健院、北京兒童醫(yī)院鄭州醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院新疆醫(yī)院、北京兒童醫(yī)院黑龍江醫(yī)院。