在幾代人的共同努力下，北醫(yī)三院已發(fā)展成為國內(nèi)高水平的大型綜合性醫(yī)院，擁有二十個學科為國家臨床重點?？平ㄔO項目（骨科、藥劑科（臨床藥學）、病理科、?？谱o理、檢驗科、消化科、婦科、產(chǎn)科、職業(yè)病科、耳鼻喉科、心血管分子生物學與調(diào)節(jié)肽重點實驗室、呼吸內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康復醫(yī)學科、成形科（整形外科）、運動醫(yī)學科），婦產(chǎn)科為國家婦產(chǎn)疾病臨床醫(yī)學研究中心，產(chǎn)科、康復醫(yī)學科為國家產(chǎn)科專業(yè)、國家康復醫(yī)學醫(yī)療質(zhì)量管理和控制中心。

近年來，醫(yī)院對外合作取得實質(zhì)進展，集團化發(fā)展初具規(guī)模。2018年，受張家口市人民政府和崇禮區(qū)政府委托，接管崇禮區(qū)人民醫(yī)院，北醫(yī)三院崇禮院區(qū)揭牌；受北京大學指派，與延安市政府正式簽約，托管延安市中醫(yī)醫(yī)院，北醫(yī)三院延安分院揭牌；與首都機場集團公司合作，接管北京首都國際機場醫(yī)院，北醫(yī)三院首都國際機場院區(qū)揭牌。此外，兵器工業(yè)集團北方醫(yī)院深度合作在即，海淀北部醫(yī)學中心建設穩(wěn)步推進，北醫(yī)三院順義院區(qū)進入籌備階段。集團化發(fā)展戰(zhàn)略為學科發(fā)展贏得了寶貴的空間，也為醫(yī)院未來合理布局提供了前所未有的機遇。

北醫(yī)三院擁有3個教育部創(chuàng)新團隊：骨科、運動醫(yī)學研究所、婦產(chǎn)科；3個教育部重點實驗室：輔助生殖、分子心血管學（參與）和視覺損傷與修復（參與）；1個國家衛(wèi)生健康委重點實驗室：心血管分子生物學與調(diào)節(jié)肽；8個北京市重點實驗室：磁共振成像設備與技術、脊柱疾病研究、生殖內(nèi)分泌與輔助生殖技術、心血管受體研究、運動醫(yī)學關節(jié)傷病、幽門螺桿菌感染與上胃腸疾病、眼部神經(jīng)損傷重建保護與康復、神經(jīng)退行性疾病生物標志物研究及轉(zhuǎn)化。

北醫(yī)三院為完成單位，喬杰院士團隊牽頭的“配子胚胎發(fā)育研究與生育力改善新方法的應用”研究榮獲2017年國家科技進步獎二等獎，“生殖細胞發(fā)育的表觀遺傳調(diào)控機制及體外干預方法研究”項目，榮獲2018年中華醫(yī)學科技一等獎；骨科劉忠軍教授團隊牽頭的“3D打印鈦合金骨科植入物的臨床應用與關鍵技術研究”榮獲2018年北京市科學技術獎一等獎。