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醫(yī)院是1912年由國家教育部創(chuàng)辦的中國所國立高等醫(yī)學(xué)院校——北京醫(yī)學(xué)專門學(xué)校、 國立北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院發(fā)展而來，1937年在全民抗戰(zhàn)的烽火中，為民族大義，為拯救和保存中國高等醫(yī)學(xué)教育，遷陜重建，奠基并發(fā)展了西北地區(qū)的高等醫(yī)學(xué)教育和現(xiàn)代臨床醫(yī)學(xué)，是西北所大學(xué)附屬醫(yī)院。

醫(yī)院與省內(nèi)外百余家基層醫(yī)院建立托管、醫(yī)聯(lián)體和協(xié)作關(guān)系，充分發(fā)揮國家隊(duì)的指導(dǎo)作用。被確定為國家區(qū)域醫(yī)療中心項(xiàng)目建設(shè)輸出西安交通大學(xué)第二附屬醫(yī)院洛陽醫(yī)院、西安交通大學(xué)第二附屬醫(yī)院新疆醫(yī)院、西安交通大學(xué)第二附屬醫(yī)院楊凌示范區(qū)醫(yī)院。醫(yī)院堅(jiān)持履行國家公立醫(yī)院的社會責(zé)任，數(shù)十年如一日下鄉(xiāng)巡回醫(yī)療、醫(yī)療扶貧、援助基層，對口支援西藏阿里地區(qū)、新疆等地區(qū)，進(jìn)行醫(yī)療幫扶，多年承擔(dān)蘇丹、馬拉維等非洲國家的醫(yī)療援助工作。在重大自然災(zāi)害、緊急搶險(xiǎn)及疫情防控等公共衛(wèi)生事件中充分發(fā)揮醫(yī)療應(yīng)急救援職責(zé)、派出醫(yī)護(hù)專家指導(dǎo)、救治在線，受到各級政府的高度肯定。