北大醫(yī)院前身為北京醫(yī)科專門學(xué)校附設(shè)診察所，后陸續(xù)更名為北京醫(yī)科大學(xué)校附屬醫(yī)院、北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院等。1946年，醫(yī)院隨北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院并入北京大學(xué)，由此得名“北大醫(yī)院”。1952年，全國(guó)高等學(xué)校院系調(diào)整，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院獨(dú)立建院，設(shè)立北京醫(yī)學(xué)院，后又更名為北京醫(yī)科大學(xué)，醫(yī)院隨之先后更名為北京醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院、北京醫(yī)學(xué)院第 一醫(yī)院、北京醫(yī)科大學(xué)第 一醫(yī)院。2000年，北京大學(xué)與北京醫(yī)科大學(xué)再次合并，醫(yī)院隨之更名為“北京大學(xué)第 一醫(yī)院”。2008年，醫(yī)院成為中央保健基地醫(yī)院。

百余年來(lái)，北大醫(yī)院擁有著一批國(guó)內(nèi)的首創(chuàng)專業(yè)學(xué)科以及在我國(guó)率先開展的診療技術(shù)，如國(guó)內(nèi)首創(chuàng)兒科教研室（1929年）、泌尿外科（1946年）、腎臟病專業(yè)(1950年)、綜合醫(yī)院心血管病房（50年代）、小兒外科（1950年）、兒科神經(jīng)專業(yè)（1961年）；建立全國(guó)早的麻醉科實(shí)驗(yàn)室（1961年）、個(gè)臨床藥理研究所（1980年）；在國(guó)內(nèi)率先開展改進(jìn)靜脈麻醉（1951年）、宮頸癌根治術(shù)（1951年）、先心手術(shù)（50年代）、分娩鎮(zhèn)痛（1955年）、腎移植手術(shù)（1960年）、人工晶體植入術(shù)（1983）、冠心病介入性（1986年）、胸腔鏡手術(shù)（1992年）、泌尿外科腹腔鏡手術(shù)（1992年）、微創(chuàng)切口肺移植（2005年）、經(jīng)皮心室重建術(shù)（2013年）等；研制我國(guó)臺(tái)體外沖擊波碎石機(jī)（1984年）、臺(tái)自體血液回收機(jī)（1990年）等，為我國(guó)的醫(yī)學(xué)事業(yè)作出了的貢獻(xiàn)。

北大醫(yī)院因醫(yī)學(xué)教育而生，始終堅(jiān)持“立德樹人”根本任務(wù)。自1977 年至今，醫(yī)院累計(jì)培養(yǎng)本科生 3300 余人，研究生 4000 余人，其中包括碩士 2000余人、博士 2000余人。作為首批國(guó)家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)示范基地，自2005年至今，累計(jì)規(guī)范化培訓(xùn)住院醫(yī)師1100余人?，F(xiàn)有本科生同期在院440余人，研究生同期在院740余人，畢業(yè)后繼續(xù)教育900余人。

北京大學(xué)第 一醫(yī)院依托國(guó)家高水平醫(yī)院臨床研究和成果轉(zhuǎn)化能力試點(diǎn)項(xiàng)目，搭建生物樣本庫(kù)、研究型病房、交叉研究平臺(tái)、大數(shù)據(jù)AI平臺(tái)等，形成基礎(chǔ)研究、轉(zhuǎn)化研究、臨床研究為一體的創(chuàng)新平臺(tái)。在2022年度中國(guó)醫(yī)院醫(yī)院科技量值（STEM）排行榜中位列第14位，其中1個(gè)學(xué)科排名全國(guó)第 一，6個(gè)學(xué)科排名前十、9個(gè)學(xué)科排名前二十。近五年來(lái)，獲批國(guó)家、省部市、校級(jí)和橫向課題，以及臨床試驗(yàn)合計(jì)2300余項(xiàng)，經(jīng)費(fèi)約16億元，其中縱向課題超9億元。累計(jì)發(fā)表論文6000余篇，SCI（即《科學(xué)引文索引》）收錄論文3000余篇，其中部分發(fā)表在包括《Nature》、《New Engl J Med》、《JAMA》、《BMJ》等國(guó)際期刊上。獲國(guó)家、教育部、北京市、中華醫(yī)學(xué)會(huì)等科技成果獎(jiǎng)70項(xiàng)，其中國(guó)家及部委級(jí)獎(jiǎng)項(xiàng)12項(xiàng)。