北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫(yī)院承擔(dān)“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內(nèi)、國際公開發(fā)表的論文總數(shù)和國內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

令狐恩強率先定名完善消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)，模糊了消化內(nèi)外科的界限，替代了一批傳統(tǒng)外科手術(shù)；率先提出基于保持人體解剖結(jié)構(gòu)不變條件下，達(dá)到祛除疾病目的的超級微創(chuàng)手術(shù)新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術(shù)模式，為未來手術(shù)方法學(xué)與器械研發(fā)指明了方向。

令狐恩強為中國逆行胰膽管造影（ERCP）規(guī)范的出臺做出了積極的貢獻，為中國消化道早癌的內(nèi)鏡下技術(shù)的完善與普及做了大量工作，為中國的內(nèi)鏡下早癌切除躋身世界先進行列做出了積極的貢獻。

令狐恩強是一位患者可以生死相托的臨床好醫(yī)生，他的愛心里有著對患者感同身受的體貼，似乎有著當(dāng)一名臨床好醫(yī)生的先天條件，他也是一位臨床研究成果頗豐的醫(yī)生。