北京301醫(yī)院擁有1個國家重點實驗室、2個教育部重點實驗室、9個北京市重點實驗室，12個全軍醫(yī)學專業(yè)重點實驗室，國家臨床醫(yī)學研究中心1個，國際聯(lián)合研究中心1個，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。

北京301醫(yī)院先后獲得省部級以上科技成果獎勵1300余項，其中，國家科技進步一等獎7項，二等獎22項，國家發(fā)明獎3項，軍隊科技進步一等獎21項。醫(yī)院承擔“973”、“863”等各類課題800多項，在中國國內(nèi)、國際公開發(fā)表的論文總數(shù)和國內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國醫(yī)院之首。

令狐恩強率先定名完善消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)，模糊了消化內(nèi)外科的界限，替代了一批傳統(tǒng)外科手術(shù)；率先提出基于保持人體解剖結(jié)構(gòu)不變條件下，達到祛除疾病目的的超級微創(chuàng)手術(shù)新概念，替代長期存在以切除器官為代價的手術(shù)模式，為未來手術(shù)方法學與器械研發(fā)指明了方向。

令狐恩強從事消化病及消化內(nèi)鏡研究、臨床、教學及保健工作，緊貼臨床一線進行技術(shù)與理論創(chuàng)新。他提出的疾病分類、分型，被多個學會采納寫入指南。他定名和完善的消化內(nèi)鏡隧道技術(shù)，打破了傳統(tǒng)內(nèi)科和外科的界限，將一些原本由外科手術(shù)治 療的疾病轉(zhuǎn)為內(nèi)窺鏡下，且創(chuàng)傷極小、術(shù)后恢復快、費用低、療效顯著；他在消化管道深部臟器損傷治 療方面處于世界領(lǐng) 先水平。