曾學軍教授在多項首發(fā)基金連續(xù)十年支持下開展大型綜合醫(yī)院與社區(qū)醫(yī)療機構合作模式的研究。2005年始主持《社區(qū)中老年人健康管理規(guī)范》的制訂和推廣，成為國家公共衛(wèi)生規(guī)范項目之一，并于2015年成為國家推薦標準。

北京協(xié)和醫(yī)院風濕免疫科為了促進中國風濕病的普及與提高，自建科以來，堅持每年舉辦形式多樣的風濕病學講習班和學術會議，編著多部風濕病學專著，同時結合風濕病學臨床的需要開展科學研究，取得了極大的成績，是國家教委風濕病學博士學位授予點、風濕免疫內(nèi)科博士后流動站、國家教委風濕病學重點學科單位、衛(wèi)生部住院醫(yī)師培訓基地、風濕免疫科專科繼續(xù)教育基地、風濕臨床試驗基地、教育部重點實驗室，風濕病學博士生/博士后培養(yǎng)單位，為全國培養(yǎng)了大量風濕病學的專業(yè)人才。

近年來，得益于國家對風濕免疫病投入逐步增加，在SLE科技支撐計劃/863項目、自身免疫性疾病新藥臨床評價研究技術平臺科技重大專項、衛(wèi)計委行業(yè)科研專項等支持下，以北京協(xié)和醫(yī)院牽頭，聯(lián)合全國近800家風濕病診治中心，已初步形成系統(tǒng)性紅斑狼瘡研究協(xié)作組（CSTAR）和國家風濕病數(shù)據(jù)中心（CRDC）的研究網(wǎng)絡，成為國內(nèi)的風濕病研究協(xié)作組織，創(chuàng)建了中國風濕病信息數(shù)據(jù)庫、生物樣本庫（CRIP）和規(guī)范化培訓和多學科交流平臺（CREP），啟動了中國風濕病學界的多中心協(xié)作研究，發(fā)布了中國風濕病學界的規(guī)范化診治共識。

重視科研是協(xié)和風濕免疫科的傳統(tǒng)?？剖?979年起就率先在全國進行自身抗體檢測的研究。1988年，“抗核抗體譜的建立及臨床應用研究”獲國家科技進步三等獎；1995年，“原發(fā)性干燥綜合征的系列研究”獲國家科技進步三等獎；近年來，獲北京市科學技術獎、中華醫(yī)學科技獎、華夏醫(yī)學科技獎等省部級獎項共計13項。