北大醫(yī)院前身為北京醫(yī)科專門學(xué)校附設(shè)診察所，后陸續(xù)更名為北京醫(yī)科大學(xué)校附屬醫(yī)院、北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院等。1946年，醫(yī)院隨北平大學(xué)醫(yī)學(xué)院并入北京大學(xué)，由此得名“北大醫(yī)院”。1952年，全國高等學(xué)校院系調(diào)整，北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院獨立建院，設(shè)立北京醫(yī)學(xué)院，后又更名為北京醫(yī)科大學(xué)，醫(yī)院隨之先后更名為北京醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院、北京醫(yī)學(xué)院第 一醫(yī)院、北京醫(yī)科大學(xué)第 一醫(yī)院。2000年，北京大學(xué)與北京醫(yī)科大學(xué)再次合并，醫(yī)院隨之更名為“北京大學(xué)第 一醫(yī)院”。2008年，醫(yī)院成為中央保健基地醫(yī)院。

百余年來，北大醫(yī)院擁有著一批國內(nèi)的首創(chuàng)專業(yè)學(xué)科以及在我國率先開展的診療技術(shù)，如國內(nèi)首創(chuàng)兒科教研室（1929年）、泌尿外科（1946年）、腎臟病專業(yè)(1950年)、綜合醫(yī)院心血管病房（50年代）、小兒外科（1950年）、兒科神經(jīng)專業(yè)（1961年）；建立全國早的麻醉科實驗室（1961年）、個臨床藥理研究所（1980年）；在國內(nèi)率先開展改進靜脈麻醉（1951年）、宮頸癌根治術(shù)（1951年）、先心手術(shù)（50年代）、分娩鎮(zhèn)痛（1955年）、腎移植手術(shù)（1960年）、人工晶體植入術(shù)（1983）、冠心病介入性（1986年）、胸腔鏡手術(shù)（1992年）、泌尿外科腹腔鏡手術(shù)（1992年）、微創(chuàng)切口肺移植（2005年）、經(jīng)皮心室重建術(shù)（2013年）等；研制我國臺體外沖擊波碎石機（1984年）、臺自體血液回收機（1990年）等，為我國的醫(yī)學(xué)事業(yè)作出了的貢獻。

2022年度中國醫(yī)院聲譽排行榜中，1個學(xué)科位列全國第 一，5個學(xué)科排名前五、9個學(xué)科排名前十。在領(lǐng)軍人才建設(shè)方面，擁有中國工程院院士1人、國家自然科學(xué)基金創(chuàng)新群體1人、萬人計劃領(lǐng)軍人才/團隊6人、國家自然科學(xué)基金杰出青年基金獲得者10人、長江學(xué)者特聘/特崗教授5人、教育部創(chuàng)新團隊2人、科技部領(lǐng)軍人才/團隊6人，其他國 家級高層次人才13人、北京市高層次人才31人。

北京大學(xué)第 一醫(yī)院設(shè)有20個教研室、18個住培基地、35個專培基地，現(xiàn)有博士學(xué)位授予二級學(xué)科24個、碩士學(xué)位授予二級學(xué)科24個，是國家臨床教學(xué)培訓(xùn)示范中心、國家住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)示范基地。醫(yī)院推動教學(xué)創(chuàng)新，以培養(yǎng)臨床醫(yī)學(xué)生勝任力為導(dǎo)向，開展器官系統(tǒng)整合的課程體系創(chuàng)新，PBL、模擬教學(xué)等教學(xué)方法創(chuàng)新，形成性評價、ePortfolio等評價模式創(chuàng)新。