根據(jù)《招標投標法》相關規(guī)定，雖然承包人應發(fā)包人要求提交履約保函是應該的，但是承包人可以在保函形式和內容方面與發(fā)包人進行協(xié)商，增加索賠難度，制約發(fā)包人惡意索賠。承包人可以選擇有條件保函以保障自己的權益，且將條件明確約定在保函條款中。如果發(fā)包人堅持讓承包人提供無條件保函形式，則可以要求發(fā)包人拿出合法依據(jù)或者要求發(fā)包人提供支付工程款擔保。

承包人接收到保函索賠通知后，應冷靜分析索賠原因，及時選擇合法途徑解決履約保函爭議。首先，應與保函當事人進行溝通。與發(fā)包人溝通，力爭消除雙方誤解，促使發(fā)包人撤回索賠文件或者放棄索賠權利。與擔保人溝通，要求擔保人嚴格審查索賠文件，合理謹慎地履行賠償義務。其次，以發(fā)包人為被告提起訴訟，并申請訴前或訴訟財產(chǎn)保全措施，請求法院裁定通知擔保人暫停保函項下賠付，待基礎合同糾紛解決后，視生效判決或裁定結果決定終是否賠付，以避免給擔保人或者承包人造成無法挽回的經(jīng)濟損失。但由于我國現(xiàn)有法律并沒規(guī)定保函欺詐或不當索賠例外的規(guī)則，承包人只能依據(jù)民事訴訟法的相關規(guī)定提出上述請求，實踐中法院是否作出上述裁定，有待其具體裁量。

履約保證金必須游離在工程造價之外，只作為中標方違約時招標方損失的補償，招標人必須是具備招標能力的法人，其建設資金已經(jīng)到位，不能把履約保證金作為工程造價的補充。因此，履約保證金具有獨立性，必須由雙方認可的機構負責收繳、儲存、執(zhí)行和返還。

預付保函又稱還款保函及退款保函，在貿(mào)易合同中還可以成為定金保函。在大額交易中，買方或業(yè)主在合約簽訂后的一定時間內預先需向供貨方支付一定比例的款項作為執(zhí)行合同的啟動資金，由于該款項是對供貨方在履約之前所作的預付，買方為了避免日后由于供貨方拒絕履行義務或者無法履行義務，卻不退款而無端遭到損失，通常要求供貨方在買方預付之前的若干日內通過其銀行開出預付保函，有銀行作出承諾，一旦申請人未能履約或者是無法全部履約(不管這種行為是有意的或者是無意造成的)，擔保行將在收到買方提出的索賠后，向其返還這筆與預付金額等值的款項，或者相當于合約尚未履行部分相當比例的預付金額，使買方能夠順利的收回所預付的款項。