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北京兒童醫(yī)院設備先進、設施完善、技術(shù)力量雄厚，科室齊全，設有呼吸科、泌尿外科、重癥醫(yī)學科、血液腫瘤中心等35個臨床和醫(yī)技科室。醫(yī)院擁有國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心，兒科重癥、小兒呼吸、中西醫(yī)結(jié)合兒科、小兒外科和臨床護理等5個國家臨床重點專科建設項目，還擁有兒童白血病分子分型、小兒耳鼻咽喉頭頸外科、兒科呼吸感染等3個北京市重點實驗室，北京市兒童外科矯形支具工程技術(shù)研究中心以及小兒先天性心臟病中心、小兒實體瘤中心、兒童睡眠疾病中心等1 6個市級醫(yī)療中心。在小兒復雜先心病的手術(shù)、各類脊柱畸形的矯正、小兒泌尿畸形矯正、腹胸腔鏡、急腹癥及創(chuàng)傷以及

神經(jīng)、呼吸、內(nèi)分泌、腎病、血液透析、耳鼻喉、纖維支氣管鏡、影像技術(shù)等專業(yè)疾病的診斷及診療設備居國內(nèi)地位，并率先在國內(nèi)將兒科就診年齡擴大到18歲。

醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現(xiàn)有教授、副教授84人，博、碩士研究生導師64人，承擔著博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)、護理大中專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

積極開展科研指導臨床是小兒泌尿外科的另一特色。尿道下裂病因?qū)W研究、包皮血液供應的解剖學研究、尿道下裂修復手術(shù)的臨床研究、腎腫瘤病理組織類型、橫紋肌肉瘤多藥耐藥性的研究、神經(jīng)源性膀胱等下尿路梗阻尿動力學研究等對推動上述臨床工作發(fā)展和水平提高發(fā)揮了重要作用。