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主要研究方向為兒童糖尿病領域，涵蓋兒童糖尿病流行病學研究、生存、代謝控制狀況及胰島素抵抗相關疾病范化研究。先天性高胰島素性/新生兒糖尿病臨床與遺傳學研究。性腺研究主要包括嬰幼兒乳房發(fā)育臨床監(jiān)測、DSD病因學及Kallmann綜合征的基因學研究、小陰莖的、AAA綜合征的遺傳學研究、DSD患者體格發(fā)育研究、Silver Russule 綜合征遺傳學研究等。同時承擔研究生教學以及留學生英文教學。

鞏純秀學術兼職中華醫(yī)學會兒科內分泌遺傳代謝學組副組長，中華醫(yī)學會糖尿病學會委員，中華醫(yī)學會糖尿病學會1型糖尿病學組副組長，北京醫(yī)學會兒科分會內分泌遺傳代謝學組組長，中華醫(yī)學會糖尿病學分會北京分會委員，原亞太兒科內分泌學會理事會理事，中國醫(yī)師協(xié)會內分泌代謝學分會常委。中華兒科雜志編委,中華醫(yī)藥雜志常務編委，中華糖尿病雜志編委，中國糖尿病雜志編委，中國實用兒科雜志編委，中國小兒急救醫(yī)學編委，免疫分析與臨床雜志編委，柳葉刀糖尿病內分泌中文版編委。

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