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主要研究方向?yàn)閮和悄虿☆I(lǐng)域，涵蓋兒童糖尿病流行病學(xué)研究、生存、代謝控制狀況及胰島素抵抗相關(guān)疾病范化研究。先天性高胰島素性/新生兒糖尿病臨床與遺傳學(xué)研究。性腺研究主要包括嬰幼兒乳房發(fā)育臨床監(jiān)測、DSD病因?qū)W及Kallmann綜合征的基因?qū)W研究、小陰莖的、AAA綜合征的遺傳學(xué)研究、DSD患者體格發(fā)育研究、Silver Russule 綜合征遺傳學(xué)研究等。同時(shí)承擔(dān)研究生教學(xué)以及留學(xué)生英文教學(xué)。

鞏純秀學(xué)術(shù)兼職中華醫(yī)學(xué)會(huì)兒科內(nèi)分泌遺傳代謝學(xué)組副組長，中華醫(yī)學(xué)會(huì)糖尿病學(xué)會(huì)委員，中華醫(yī)學(xué)會(huì)糖尿病學(xué)會(huì)1型糖尿病學(xué)組副組長，北京醫(yī)學(xué)會(huì)兒科分會(huì)內(nèi)分泌遺傳代謝學(xué)組組長，中華醫(yī)學(xué)會(huì)糖尿病學(xué)分會(huì)北京分會(huì)委員，原亞太兒科內(nèi)分泌學(xué)會(huì)理事會(huì)理事，中國醫(yī)師協(xié)會(huì)內(nèi)分泌代謝學(xué)分會(huì)常委。中華兒科雜志編委,中華醫(yī)藥雜志常務(wù)編委，中華糖尿病雜志編委，中國糖尿病雜志編委，中國實(shí)用兒科雜志編委，中國小兒急救醫(yī)學(xué)編委，免疫分析與臨床雜志編委，柳葉刀糖尿病內(nèi)分泌中文版編委。