履約保證金的結(jié)算包括返還、抵扣或沒收等問題。一般來說，履約保證金在中標人履行合同后應(yīng)予返還，但實踐中，招標人與中標人通常會約定根據(jù)工程進展程度分階段返還或在工程竣工后一次性返還，有的還規(guī)定以抵扣或沒收履約保證金作為承擔違約責任的方式之一。筆者認為，合同和法律沒有規(guī)定的，不得抵扣或沒收。對于抵扣或沒收情形應(yīng)限制在施工單位在施工工期、質(zhì)量或者等違反合同約定應(yīng)承擔違約責任等范圍內(nèi)。在當事人既約定了履約保證金又約定違約責任條款的情況下，依照合同法百一十六條規(guī)定：“當事人既約定違約金，又約定定金的，一方違約時，雙方可以選擇適用違約金或者定金條款?！币约鞍倭闫邨l的規(guī)定：“當事人一方不履行合同義務(wù)或者履行合同義務(wù)不符合約定的，應(yīng)當承擔繼續(xù)履行、采取補救措施或者賠償損失等違約責任?！甭募s保證金作為中標人承擔違約責任的擔保，如果中標人沒有及時承擔違約責任，履約保證金可作為招標人損失的彌補；如果中標人承擔了相關(guān)責任，則招標人應(yīng)在合同責任解除后退還全部的履約保證金。

與質(zhì)押的區(qū)別。質(zhì)押，是指債務(wù)人或者第三人將其財產(chǎn)移交債權(quán)人占有作為債權(quán)的擔保。債務(wù)人到期不履行債務(wù)時，債權(quán)人有權(quán)就質(zhì)押財產(chǎn)優(yōu)先受償。根據(jù)物權(quán)法第二百零八條規(guī)定：“債務(wù)人或者第三人將其金錢以特戶、封金、保證金等形式特定化后，移交債權(quán)人占有作為債權(quán)的擔保，債務(wù)人不履行債務(wù)時，債權(quán)人可以以該金錢優(yōu)先受償。”貨幣作為特殊動產(chǎn)，在從種類物向特定物轉(zhuǎn)化后也可以進行質(zhì)押。設(shè)立履約保證金制度的目的是用以督促擔保中標人完全履約，不論履約保證金標的物為現(xiàn)金貨幣，還是其他財產(chǎn)性標的物或可轉(zhuǎn)讓的權(quán)利，招標人對其均具有排他性的優(yōu)先受償權(quán)，因此，除前述特定可視為定金的情形外，履約保證金的實質(zhì)應(yīng)歸為質(zhì)押擔保。

公司保函就是擔保公司開的保證書，即擔保公司保函，又稱為商業(yè)保函。

擔保公司保函和銀行保函具有相同的法律效力，且擔保公司保函具有費用低，格式靈活，付款方式靈活，辦理周期短等優(yōu)點。采用擔保公司保函代替銀行保函能降低成本，節(jié)約時間。

工程擔保公司出具的投標保函，履約保函，預(yù)付款保函，質(zhì)量保函，農(nóng)民工工資支付保函，即為商業(yè)保函。

商業(yè)投標保函：僅需招標文件電子版，和營業(yè)執(zhí)照掃描件，僅收擔保費，免保證金，出函時間1天。

履約保函相對于履約保證金的優(yōu)點要從兩個方面來看：

對承包方而言，減少由于繳納現(xiàn)金保證金引起的長時間資金占用，獲得資金收益，優(yōu)化資金配置，且能更好地維護自身權(quán)益；

對業(yè)主方而言，能合理制約承包方行為，維護自身利益，也避免了收取、退回保證金程序的煩瑣，提高工作效率。