如果保函中未曾寫明預(yù)付款保函的擔保金額，將隨保函歸還金額而相應(yīng)減少，則很可能出現(xiàn)預(yù)付款已大部分償還，而保函額不減的局面，業(yè)主隨時可能全額沒收保函，而承包商卻不擁有全額預(yù)付款（因為很可能在業(yè)主沒收保函時，承包商已經(jīng)償還了部分預(yù)付款）。

預(yù)付款保函的另一個風險是保函的生效時間先于承包商收到的預(yù)付款，承包商在不知情的前提下，業(yè)主已經(jīng)沒收預(yù)付款保函而承包商未收到預(yù)付款。

還有一種可能的風險，就是預(yù)付款已經(jīng)扣還完畢，而預(yù)付款保函沒有及時撤銷，讓業(yè)主有機可乘，留下沒收保函之機。

工程招投標后為了使交易時更加放心有保障，都會要求對方開具一份預(yù)付款保函，這樣既可避免交易中爽約的損失，在任何銀行開具預(yù)付款保函的企業(yè)，首先是銀行的開戶會員，然后都必須是合法的企業(yè)有相關(guān)的營業(yè)執(zhí)照等合法文件、有足夠的業(yè)務(wù)資質(zhì)等等，然后就可以在銀行申請預(yù)付款保函，審核通過后就可以開出了。

《中華人民共和國民法典》 第八百零七條 發(fā)包人未按照約定支付價款的，承包人可以催告發(fā)包人在合理期限內(nèi)支付價款。發(fā)包人逾期不支付的，除根據(jù)建設(shè)工程的性質(zhì)不宜折價、拍賣外，承包人可以與發(fā)包人協(xié)議將該工程折價，也可以請求人民法院將該工程依法拍賣。建設(shè)工程的價款就該工程折價或者拍賣的價款優(yōu)先受償。