醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

在臨床相關(guān)研究方面，眼底?？崎_展了增生性玻璃體視網(wǎng)膜病變發(fā)病機制的研究，視網(wǎng)膜下人工假體植入技術(shù)及組織相容性研究，高度近視眼致病基因定位及蛋白質(zhì)組學分析，黃斑營養(yǎng)不良的致病基因定位研究，年齡相關(guān)性黃斑變性發(fā)病危險因素和早期干預研究，以及眼病的流行病學研究等。持續(xù)不斷的獲得了多項及省部級課題經(jīng)費的支持。發(fā)表了系列高質(zhì)量研究論文，形成了同仁品牌效應和國際影響力。北京同仁醫(yī)院眼底?？茍猿忠耘R床服務(wù)為根本，以科研創(chuàng)新為導向，醫(yī)療、教學、科研、預防發(fā)展的目標，推動了創(chuàng)新型的科學研究工作的持續(xù)開展和學科臨床服務(wù)水平的不斷提高。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內(nèi)早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷?？啤１本┩恃弁鈧麑？萍夹g(shù)力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經(jīng)驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內(nèi)的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術(shù)量達5000人次以上。

角膜塑形鏡門診現(xiàn)設(shè)立在北京同仁醫(yī)院崇文門院區(qū)東區(qū)一樓視光中心門診，隸屬眼科醫(yī)學視光中心，現(xiàn)有醫(yī)生6人，均為副高以上職稱，專業(yè)擅長為眼視光醫(yī)學及角膜病學，在復雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領(lǐng)域具有豐富的臨床經(jīng)驗。

服務(wù)人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術(shù)矯正獲得更好視覺體驗的患者。