北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫(yī)院主體并稱“一院三所”，成為集醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防、國際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準(zhǔn)的國家臨床重點(diǎn)學(xué)科，變態(tài)反應(yīng)(鼻過敏)科為原國家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)批準(zhǔn)的國家臨床重點(diǎn)?？疲嗅t(yī)眼科學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)的中醫(yī)重點(diǎn)學(xué)科。首都醫(yī)科大學(xué)北京眼科學(xué)院和耳鼻咽喉科學(xué)院設(shè)在院內(nèi)。醫(yī)院設(shè)有世界衛(wèi)生組織防盲合作中心和世界衛(wèi)生組織防聾合作中心，附設(shè)北京同仁眼庫(國際眼庫協(xié)會(huì)會(huì)員)。

同仁醫(yī)院現(xiàn)有中國工程院院士1名，北京學(xué)者3名，長江學(xué)者1名，享受政府特殊津貼專家11名，獲、北京市突出貢獻(xiàn)專家12名。作為首都醫(yī)科大學(xué)第四臨床醫(yī)學(xué)院，醫(yī)院承擔(dān)著重要的教學(xué)任務(wù)。醫(yī)院現(xiàn)有學(xué)位點(diǎn)28個(gè)，其中博士學(xué)位點(diǎn)13個(gè)。碩士生導(dǎo)師114人，博士生導(dǎo)師41人。擁有15個(gè)北京市住院醫(yī)師培訓(xùn)基地。

改革開放以來，醫(yī)院共獲得省部級(jí)以上科技成果獎(jiǎng)勵(lì)138項(xiàng)，其中8項(xiàng)，獲得國家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目253項(xiàng)。

北京同仁醫(yī)院眼底專科現(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國內(nèi)規(guī)模大、綜合實(shí)力強(qiáng)的眼底病團(tuán)隊(duì)。團(tuán)隊(duì)骨干擁有各自明確的臨床專長和相關(guān)研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復(fù)雜眼底病的臨床領(lǐng)域處于國際前沿。

作為具有同仁特色的科室，眼外傷專科特別注意與口腔頜面外科、神經(jīng)外科、鼻科等兄弟專科的合作，在交叉復(fù)合學(xué)科發(fā)展上在國內(nèi)獨(dú)樹一幟。眼外傷?？婆c耳鼻喉科成立了鼻眼相關(guān)中心，聯(lián)合開展了復(fù)合路徑下的眶壁骨折整復(fù)術(shù)、多重療法的視神經(jīng)管減壓術(shù)、合并鼻骨骨折的鼻淚道手術(shù)和眶-鼻竇異物取出、眶面復(fù)合創(chuàng)傷多學(xué)科多層次多斷面聯(lián)合;與神經(jīng)外科合作，率先開拓經(jīng)顱顯微視神經(jīng)管減壓開放術(shù)、眶顱異物取出術(shù)，大大提高了手術(shù)成功率。