醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應(yīng)科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風(fēng)濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點?？?，變態(tài)反應(yīng)科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學(xué)科。

北京同仁醫(yī)院眼底?？片F(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國內(nèi)規(guī)模大、綜合實力強的眼底病團隊。團隊骨干擁有各自明確的臨床專長和相關(guān)研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見及疑難復(fù)雜眼底病的臨床領(lǐng)域處于國際前沿。

青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點專業(yè)。多年來，在國內(nèi)眼科學(xué)界長期占據(jù)優(yōu)勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫(yī)學(xué)會眼科學(xué)分會青光眼學(xué)組組長單位，也是中國醫(yī)師協(xié)會眼科學(xué)分會青光眼委員會主任委員單位。

青光眼科主要的特點和優(yōu)勢是注重臨床和科研相結(jié)合。在保持原有臨床技術(shù)優(yōu)勢的情況下，注重基礎(chǔ)科研工作，在國內(nèi)學(xué)術(shù)界具有優(yōu)勢。

角膜塑形鏡門診現(xiàn)設(shè)立在北京同仁醫(yī)院崇文門院區(qū)東區(qū)一樓視光中心門診，隸屬眼科醫(yī)學(xué)視光中心，現(xiàn)有醫(yī)生6人，均為副高以上職稱，專業(yè)擅長為眼視光醫(yī)學(xué)及角膜病學(xué)，在復(fù)雜角膜屈光問題，近視眼防控，角膜塑形鏡驗配，硬性角膜接觸鏡(RGP)驗配等領(lǐng)域具有豐富的臨床經(jīng)驗。

服務(wù)人群：18-55歲的近視、散光、遠視等屈光不正，希望通過手術(shù)矯正獲得更好視覺體驗的患者。