據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示，醫(yī)院設(shè)置165個臨床、醫(yī)技科室，233個護理單元，擁有8個國家重點學(xué)科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫(yī)學(xué)?？浦行暮脱芯克?，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。同時是全軍重癥監(jiān)護示范基地和中華護理學(xué)會的培訓(xùn)基地。設(shè)有國際醫(yī)學(xué)中心和健康醫(yī)學(xué)中心，提供高端預(yù)防保健服務(wù)。醫(yī)院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術(shù)近9萬例。

2019年7月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準(zhǔn)依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學(xué)中心成立國家感染性疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心。研究中心整合國內(nèi)79家協(xié)作醫(yī)院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關(guān)疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標(biāo)準(zhǔn)化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫整合平臺，形成專業(yè)的管理團隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。

國家耳鼻咽喉疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心是為加強我國耳鼻咽喉疾病醫(yī)學(xué)科技創(chuàng)新體系建設(shè)、打造臨床醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化研究的“高地”而創(chuàng)建的項目，目標(biāo)是形成我國耳鼻咽喉疾病重大臨床醫(yī)學(xué)研究的“國家隊”。

擬通過開展高質(zhì)量循證醫(yī)學(xué)研究、驗證新技術(shù)和新方法、實施多學(xué)科交叉轉(zhuǎn)化研究、開發(fā)和推廣基層適宜技術(shù)、探索臨床研究方法和管理模式，搭建國家耳鼻咽喉疾病臨床研究公共技術(shù)支撐的平臺。通過高質(zhì)量臨床多中心研究，出指南、出理論、出技術(shù)、出產(chǎn)品、出成效，為國家制定政策提供依據(jù)，以提高耳鼻咽喉疾病防控能力，改善民眾健康。

在學(xué)科帶頭人陳香美院士帶領(lǐng)下，腎臟病醫(yī)學(xué)部1993年獲批碩士學(xué)位授予點，1998年獲批博士學(xué)位授予點，1999年獲批博士后流動站，2007年獲批集內(nèi)科學(xué)（腎?。﹪抑攸c學(xué)科、2008年獲批內(nèi)科學(xué)（腎病）北京市重點學(xué)科。是國家衛(wèi)健委、北京市住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地、?？漆t(yī)師培訓(xùn)基地，國家衛(wèi)健委腹膜透析培訓(xùn)示范中心，全軍野戰(zhàn)內(nèi)科學(xué)教學(xué)基地，中華護理學(xué)會及北京市血液凈化?？谱o士培訓(xùn)基地，全軍重癥監(jiān)護?？谱o士培訓(xùn)基地。