醫(yī)院設有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應科、心內科、心外科、神經內科、消化內科、呼吸內科、腎內科、內分泌科、血液科、風濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準的國家臨床重點專科，變態(tài)反應科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？疲嗅t(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。

北京同仁醫(yī)院眼底?？埔I國內眼底病的發(fā)展方向，在國內率先開展了間接檢眼鏡下孔源性視網膜脫離的手術，開展了玻璃體視網膜顯微手術，創(chuàng)新了視網膜中央動脈栓塞的玻璃體手術，在驅逐性出血以及眼底腫瘤的放射性敷貼和局部切除手術等多個方面處于國內和國際前沿。

青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點專業(yè)。多年來，在國內眼科學界長期占據優(yōu)勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫(yī)學會眼科學分會青光眼學組組長單位，也是中國醫(yī)師協(xié)會眼科學分會青光眼委員會主任委員單位。

青光眼科主要的特點和優(yōu)勢是注重臨床和科研相結合。在保持原有臨床技術優(yōu)勢的情況下，注重基礎科研工作，在國內學術界具有優(yōu)勢。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？剖且恢v史悠久、人才梯隊完整、集醫(yī)教研防一體、臨床特色鮮明的學科。眼外傷團隊是一個充滿朝氣、認真負責、團結向上、精誠合作、注重傳承與發(fā)展的隊伍!全科同仁以挑戰(zhàn)疑難眼病、救治瀕危眼球為己任，業(yè)務上精益求精，科研上勇于探索，繼續(xù)努力不懈地為國內外患者提供高質量的服務，以不斷創(chuàng)新的進取精神為各類眼外傷患者送去光明和希望。