1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。

1899年，“衛(wèi)理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內選定并購妥院址，開始籌備興建工程。

1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結核病。

1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設在西樓，分為三層，有眼科、內科和外科病房，眼科約占1/2。

1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學會的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學校。

1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀念醫(yī)院”。

1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。

1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。

1945年11月14日，衛(wèi)理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會收回了醫(yī)院，恢復使用同仁醫(yī)院的名稱。

1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領導下，醫(yī)院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團。

1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設了婦產科、小兒科。

1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。

1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。

1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。

1959年，眼科研究所成立，設有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。

1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農兵醫(yī)院”。

1979年，醫(yī)院復名“北京市同仁醫(yī)院”。

1994年，更名為“首都醫(yī)科大學附屬北京同仁醫(yī)院”。

青光眼科一直以來就是同仁眼科的重點專業(yè)。多年來，在國內眼科學界長期占據(jù)優(yōu)勢地位，并在國際上享有一定的影響力。目前，青光眼科是中華醫(yī)學會眼科學分會青光眼學組組長單位，也是中國醫(yī)師協(xié)會眼科學分會青光眼委員會主任委員單位。

青光眼科主要的特點和優(yōu)勢是注重臨床和科研相結合。在保持原有臨床技術優(yōu)勢的情況下，注重基礎科研工作，在國內學術界具有優(yōu)勢。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷?？啤１本┩恃弁鈧麑？萍夹g力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經(jīng)驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術量達5000人次以上。

近年來眼外傷專科在國內率先開展各種眼外傷、眼底病的診治新技術，包括顯微眼內窺鏡下的視網(wǎng)膜脫離復位、眼內異物取出以及眼內窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術，在“微創(chuàng)意識”引領下積極開展微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術，以小侵襲或損傷達到佳手術療效。另外開展虹膜瞳孔損傷修復、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術聯(lián)合角膜移植、各類兒童玻璃體視網(wǎng)膜病變的微創(chuàng)玻璃體手術、兒童復雜眼外傷的微創(chuàng)玻璃體手術、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。