據(jù)醫(yī)院官網(wǎng)2015年12月信息顯示，醫(yī)院設置165個臨床、醫(yī)技科室，233個護理單元，擁有8個國家重點學科、1個國家重點實驗室、20個省部級及全軍重點實驗室、33個全軍醫(yī)學?？浦行暮脱芯克?，形成了以綜合診療為特色的13項專業(yè)優(yōu)勢。同時是全軍重癥監(jiān)護示范基地和中華護理學會的培訓基地。設有國際醫(yī)學中心和健康醫(yī)學中心，提供高端預防保健服務。醫(yī)院年門急診量490余萬人，收容19.8萬人，手術近9萬例。

為節(jié)約患者在北京醫(yī)院掛號排隊等候的時間，特開通北京醫(yī)院代掛號服務，預約北京三甲醫(yī)院的專家和以下醫(yī)院掛號：北京301醫(yī)院代掛號，北京大學醫(yī)院代掛號，北京兒童醫(yī)院代掛號，北京協(xié)和醫(yī)院代掛號，北京同仁醫(yī)院代掛號，北京宣武醫(yī)院代掛號，北京腫瘤醫(yī)院代掛號，北大口腔醫(yī)院代掛號，北京婦產(chǎn)醫(yī)院代掛號

2019年7月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學中心成立國家感染性疾病臨床醫(yī)學研究中心。研究中心整合國內(nèi)79家協(xié)作醫(yī)院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標準化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫整合平臺，形成專業(yè)的管理團隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。

先后牽頭并主持承擔了國家重大課題330多項。獲國家發(fā)明專利50余項。獲得新藥證書7項、診斷試劑生產(chǎn)批件13項、軍隊制劑批件43項。發(fā)表病毒性肝炎相關SCI論文800篇（IF≥10論文24篇）。依靠協(xié)同創(chuàng)新網(wǎng)絡推廣普及病毒性肝炎相關知識。一方面緊密瞄準解決臨床問題“接地氣”的宏偉目標，組織開展國際化、高質(zhì)量的多中心臨床研究，取得具有重大臨床指導意義的創(chuàng)新性成果，另一方面創(chuàng)新國際交流與合作模式，與世界大學、研究院所、醫(yī)療機構和跨國企業(yè)等建立戰(zhàn)略合作伙伴關系，獲得具有“高大上”特性的科研成果，提高學術水平和地位。