北京市眼科研究所、北京市耳鼻咽喉科研究所、北京市糖尿病研究所與醫(yī)院主體并稱“一院三所”，成為集醫(yī)療、教學、科研、預防、國際交流五位一體的醫(yī)療科研聯(lián)合體。眼科、耳鼻咽喉科為教育部批準的國家臨床重點學科，變態(tài)反應(鼻過敏)科為原國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準的國家臨床重點?？?，中醫(yī)眼科學為國家中醫(yī)藥管理局批準的中醫(yī)重點學科。首都醫(yī)科大學北京眼科學院和耳鼻咽喉科學院設在院內(nèi)。醫(yī)院設有世界衛(wèi)生組織防盲合作中心和世界衛(wèi)生組織防聾合作中心，附設北京同仁眼庫(國際眼庫協(xié)會會員)。

1886年，清光緒十二年，美國基督教“衛(wèi)理公會”的蘭大夫、衛(wèi)大夫在崇文門的孝順胡同開辦名為“同仁醫(yī)院”的眼科診所。

1899年，“衛(wèi)理公會”的霍甫金斯·賀慶先生捐資教會在北京東交民巷東口(現(xiàn)北京同仁醫(yī)院地址)使館區(qū)內(nèi)選定并購妥院址，開始籌備興建工程。

1913年，醫(yī)院在西山選定基地建造樓房，命名為“天然療養(yǎng)院”，專門結(jié)核病。

1914年，醫(yī)院南樓建成。同年，西病房樓落成。醫(yī)院的病房設在西樓，分為三層，有眼科、內(nèi)科和外科病房，眼科約占1/2。

1917年，醫(yī)院北樓落成，賀慶院長得到了中華博醫(yī)學會的資助，聘請美國醫(yī)生潘提司先生來院工作，設立牙科。1918年與協(xié)和醫(yī)院合辦牙科專門醫(yī)學校。

1918年，由于賀慶家族的捐資，新址落成后，英文名稱改為“賀約翰氏捐建美以美會醫(yī)院”。1927年賀慶大夫退職以后，醫(yī)院英文名稱再次更改為“賀氏紀念醫(yī)院”。

1942年，日偽北京特別市公署衛(wèi)生局接收同仁醫(yī)院全部資產(chǎn)，日偽北京市衛(wèi)生局將同仁醫(yī)院改為“市立第二醫(yī)院”，賀慶院長被迫離職。

1945年5月，醫(yī)院又由日本“開發(fā)醫(yī)療組合”接管，改名為“開發(fā)醫(yī)院”。

1945年11月14日，衛(wèi)理公會會督江長川、美國代表白輔德致函北平衛(wèi)生局，要求將醫(yī)院收回管理。次年1月，衛(wèi)理公會收回了醫(yī)院，恢復使用同仁醫(yī)院的名稱。

1949年4月，在中共北京市委及市總工會的領(lǐng)導下，醫(yī)院建立了工會。同年11月，建立了新民主主義青年團。

1952年7月，醫(yī)院與北京市婦嬰醫(yī)院合并，更名為“北京市同仁醫(yī)院”，增設了婦產(chǎn)科、小兒科。

1953年8月，北京市人民政府正式接管醫(yī)院，更名為“北京市立同仁醫(yī)院”。

1955年，醫(yī)院更名為“北京市同仁醫(yī)院”。

1958年10月，北京市政府決定將同仁醫(yī)院的神經(jīng)外科全部遷到以神經(jīng)外科為中心的宣武醫(yī)院。

1959年，眼科研究所成立，設有微生物、病理、生理研究室，羅宗賢教授任所長。

1966年，文化大革命開始后醫(yī)院更名為“北京市工農(nóng)兵醫(yī)院”。

1979年，醫(yī)院復名“北京市同仁醫(yī)院”。

1994年，更名為“首都醫(yī)科大學附屬北京同仁醫(yī)院”。

北京同仁醫(yī)院眼外傷?？瞥闪⒂?968年，是國內(nèi)早成立的集臨床、科研、教學于一體的眼外傷專科。北京同仁眼外傷?？萍夹g(shù)力量雄厚，學科梯隊合理，擁有包括多位經(jīng)驗豐富、享有盛譽的專家和教授在內(nèi)的近20名副主任醫(yī)師以上職稱的高級專業(yè)人才。每月專家門診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術(shù)量達5000人次以上。

北京同仁醫(yī)院眼科屈光手術(shù)中心在原衛(wèi)生部的批準和支持下，于1993年率先在國內(nèi)開展了近視眼、遠視眼、散光及弱視的成因及角膜屈光矯治手術(shù)。時至今日，已成為國內(nèi)每年完成屈光矯正類手術(shù)門診和手術(shù)總量多的屈光?？疲菄鴥?nèi)，具有國際影響力的屈光手術(shù)診療中心之一。

中心擁有一支實力雄厚的專業(yè)技術(shù)團隊，現(xiàn)有醫(yī)生8人，醫(yī)技9人，驗光師2人，護士1人。具有博士學歷人員5人、碩士學歷人員7人、本科學歷人員8人。其中教授和主任醫(yī)師3人，副教授和副主任醫(yī)師4人，主治醫(yī)師1人，副主任技師1人，主管技師9人。博士生導師1人，已培養(yǎng)博士研究生、碩士研究生100余人，進修醫(yī)生百余名。

為了大限度滿足患者門診、手術(shù)的需求，中心實行全年無限號門診，2017年門診量達6萬多人次，年手術(shù)量近1.5萬例。技術(shù)團隊多年來積累了大量的臨床手術(shù)及并發(fā)癥處理方面的經(jīng)驗。