醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應(yīng)科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風(fēng)濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準(zhǔn)的國家臨床重點專科，變態(tài)反應(yīng)科為國家衛(wèi)生和計劃生育委員會批準(zhǔn)的國家臨床重點?？疲嗅t(yī)眼科學(xué)為國家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)的中醫(yī)重點學(xué)科。

在臨床相關(guān)研究方面，眼底專科開展了增生性玻璃體視網(wǎng)膜病變發(fā)病機制的研究，視網(wǎng)膜下人工假體植入技術(shù)及組織相容性研究，高度近視眼致病基因定位及蛋白質(zhì)組學(xué)分析，黃斑營養(yǎng)不良的致病基因定位研究，年齡相關(guān)性黃斑變性發(fā)病危險因素和早期干預(yù)研究，以及眼病的流行病學(xué)研究等。持續(xù)不斷的獲得了多項及省部級課題經(jīng)費的支持。發(fā)表了系列高質(zhì)量研究論文，形成了同仁品牌效應(yīng)和國際影響力。北京同仁醫(yī)院眼底?？茍猿忠耘R床服務(wù)為根本，以科研創(chuàng)新為導(dǎo)向，醫(yī)療、教學(xué)、科研、預(yù)防發(fā)展的目標(biāo)，推動了創(chuàng)新型的科學(xué)研究工作的持續(xù)開展和學(xué)科臨床服務(wù)水平的不斷提高。

在科研方面，近年來，在原發(fā)性閉角型青光眼和原發(fā)性開角型青光眼發(fā)病機制和早期診斷方面做出重大成績，其科研成果連續(xù)獲得2013年和2014年國家科技進(jìn)步二等獎兩項，2012年中華醫(yī)學(xué)獎一等獎一項，北京科技進(jìn)步二等獎一項。同時多人多項目承擔(dān)國家和北京市重點科研項目。

青光眼科有博士研究生導(dǎo)師一人，碩士研究生導(dǎo)師兩人;有正高級職稱人員5人，副高級職稱人員人9人;青光眼科常年承擔(dān)首都醫(yī)科大學(xué)及首都醫(yī)科大學(xué)國際學(xué)院本科生、研究生、國際學(xué)生的臨床授課任務(wù);青光眼科每日的平均門診病人量200-300人次，科室開放床數(shù)52張，年手術(shù)量超過3000臺，青光眼科住院部的床位使用率常年超過，術(shù)前平均住院日低于4天，各項醫(yī)療指標(biāo)位居全國前列。其中2/3的患者來自外地，每年培養(yǎng)研究生和進(jìn)修醫(yī)生近百名。