上游密碼子的克服一般認(rèn)為核糖體可以通過以下兩種方式來克服上游AUG的阻礙：

（1）直接略過個(gè)AUG。

一般有兩種猜想支持這一個(gè)方法：Kozak序列和二級(jí)結(jié)構(gòu)。由于一部分上游AUG帶有較為保守的Kozak序列：A/GNNAUGG，或許生物可以通過某種機(jī)制識(shí)別這一序列進(jìn)而直接略過上游AUG的翻譯。同時(shí)，也有研究表明在上游AUG周圍出現(xiàn)二級(jí)結(jié)構(gòu)可以使得其被核糖體略過而不啟動(dòng)翻譯，而其在機(jī)制上并不容易理解，因?yàn)槔碚撋蟚IF4A會(huì)解旋所有二級(jí)結(jié)構(gòu)，保證翻譯不受影響。[2]

（2）翻譯在上游ORF終止后重新啟動(dòng)。

由于ORF大多很短（只有3-10個(gè)氨基酸），核糖體小亞基或許在翻譯結(jié)束后繼續(xù)和mRNA互作，并持續(xù)掃描而并不解離下來。一般認(rèn)為此類機(jī)制下的翻譯重啟也會(huì)受到下游終止密碼子的影響。