財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規(guī)范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續(xù)，發(fā)現(xiàn)遺失或毀損時無法查找。

代理記賬機構(gòu)的數(shù)量在不斷增加，但整體規(guī)模普遍較小，代理業(yè)務范圍不寬。真正能提供受托單位會計核算、稅收籌劃、納稅申報、內(nèi)部審計、工商稅務注冊年檢、財稅咨詢等會計服務的機構(gòu)很少。

代理記賬機構(gòu)及其從業(yè)人員的義務：

（1）按照委托合同辦理代理記賬業(yè)務，遵守有關法律、行政法規(guī)和國家統(tǒng)一的會計制度的規(guī)定；

（2）對在執(zhí)行業(yè)務中知悉的商業(yè)秘密應當保密；

（3）對委托人示意其作出不當?shù)臅嬏幚?，提供不實的會計資料，以及其他不符合法律、行政法規(guī)和國家統(tǒng)一的會計制度規(guī)定的要求，應當拒絕；

（4）對委托人提出的有關會計處理原則問題應當予以解釋。

一般，代理機構(gòu)會提供以下業(yè)務：

1、整理原始單據(jù)、記賬憑證；

2、出具財務報表（資產(chǎn)負債表、損益表）；

3、每月納稅申報及稅款交納，年度所得稅匯算清繳；

4、新公司國地稅報到等；

另外，有些機構(gòu)可以提供免費的每月報稅短信通知，郵件通知服務。