財務軟件需要到財政局備案方可使用，有的代理記賬單位沒有采用財政部批準的財務軟件來替代手工記賬。

會計資料交接麻煩、不夠規(guī)范。代理記賬單位在接受委托單位的會計原始憑證及資料時，沒有辦理交接手續(xù)，發(fā)現遺失或毀損時無法查找。

實際執(zhí)行中很多代理記賬業(yè)務操作不規(guī)范、內部管理制度不健全現象十分普遍，部分代理記賬機構的內部管理制度即使制定也是形同虛設。

業(yè)務范圍

1、代理各個稅種的納稅申報，代理企業(yè)納稅情況自查及清算各種稅款業(yè)務;

2、代理企業(yè)整體稅務安排、投資項目稅收評估，代理制作涉稅文書。

3、建立企業(yè)納稅核算體系用辦稅制度，為企業(yè)設計財務制度。

4、協(xié)助企業(yè)進行股份制改及企業(yè)間兼并、收購工作，代理設計經營管理制度。

5、為企業(yè)提供報表分析，提供其他管理建議。

6、委托人要求的其他常年代理業(yè)務。

有百分之九十八的代理記賬機構會提供整理原始憑證、編制會計憑證、登記賬冊、編制會計報表、納稅申報五項基本服務。

一般，代理機構會提供以下業(yè)務：

1、整理原始單據、記賬憑證；

2、出具財務報表（資產負債表、損益表）；

3、每月納稅申報及稅款交納，年度所得稅匯算清繳；

4、新公司國地稅報到等；

另外，有些機構可以提供免費的每月報稅短信通知，郵件通知服務。