高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經營不滿三年的按實際經營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

申報明細表與年度財務報表相關聯，是指企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用結構明細表和近一年高新技術產品(服務)收入明細表的相關數據包含在已審計的年度財務報表中，兩者適用的會計準則或會計制度是一致的，在相關會計政策、會計估計方面不存在差異。

申報明細表又區(qū)別于年度財務報表。企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用結構明細表和近一年高新技術產品(服務)收入明細表是按照《高新技術企業(yè)認定管理辦法》和《高新技術企業(yè)認定管理工作指引》編制的，其列報的數據可以直接反映出企業(yè)是否滿足認定條件。

高新審計依據高新技術企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，企業(yè)申請高新認定，需要對近三年的財務狀況、研發(fā)費用支出情況及高新技術產品(服務)收入情況進行審計，出具審計專項報告和年度審計報告。

會計師會結合企業(yè)情況，給出一份準備材料的清單。主要是企業(yè)的資產負債表、損益表、總賬、明細賬、科目余額表(到末級科目)、財務憑證、公司的執(zhí)照、章程等等。