高新技術企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度(實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費用結構明細表和近一個會計年度的高新技術產(chǎn)品(服務)收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。

不論企業(yè)以前年度財務報表是否委托注冊會計師進行審計，還是專項審計與年度財務報表審計是否為同一家會計師事務所承接，專項審計都可以按照《專項審計指引》獨立實施審計程序。如果結合以前年度財務報表審計，確定的重要性水平應當?shù)陀谙鄳攧請蟊韺徲嫷闹匾运?，確定審計范圍時應當考慮擬利用以前年度財務報表審計工作中獲取的審計證據(jù)的程度。需要注意的是，應當結合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術產(chǎn)品(服務)，在專項審計中都涉及高新技術的識別。注冊會計師不是高新技術領域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術產(chǎn)品(服務)的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術負責人與企業(yè)法定代表人、財務負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領域調(diào)配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術問題利用專家的工作。

在財務報表審計中，一般不專門提及與高新技術研究開發(fā)費用支出相關的內(nèi)部控制?！秾ｍ棇徲嬛敢窂娬{(diào)研究開發(fā)費用控制通常屬于申報企業(yè)費用和成本控制的重要組成部分，要求注冊會計師在對研究開發(fā)費用控制進行了解時，需要考慮那些影響研究開發(fā)費用完整性、發(fā)生、準確性和分類的控制點。同時，《專項審計指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務流程通常可能包括的主要活動，如立項和預算管理、人員管理、材料和設備管理以及結項管理等。