高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)，是指注冊會(huì)計(jì)師接受擬向有關(guān)部門申請進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的申報(bào)企業(yè)委托，對其近三個(gè)會(huì)計(jì)年度(實(shí)際經(jīng)營不滿三年的按實(shí)際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一個(gè)會(huì)計(jì)年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表進(jìn)行審計(jì)，并出具專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。

不論企業(yè)以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表是否委托注冊會(huì)計(jì)師進(jìn)行審計(jì)，還是專項(xiàng)審計(jì)與年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)是否為同一家會(huì)計(jì)師事務(wù)所承接，專項(xiàng)審計(jì)都可以按照《專項(xiàng)審計(jì)指引》獨(dú)立實(shí)施審計(jì)程序。如果結(jié)合以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)，確定的重要性水平應(yīng)當(dāng)?shù)陀谙鄳?yīng)財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)的重要性水平，確定審計(jì)范圍時(shí)應(yīng)當(dāng)考慮擬利用以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)工作中獲取的審計(jì)證據(jù)的程度。需要注意的是，應(yīng)當(dāng)結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。

要求針對研究開發(fā)項(xiàng)目和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))了解申報(bào)企業(yè)及其環(huán)境，比如，了解申報(bào)企業(yè)產(chǎn)品(服務(wù))的技術(shù)變化，了解申報(bào)企業(yè)研究開發(fā)部門的設(shè)置和分布，以及是否存在專門的機(jī)構(gòu)和人員從事研究開發(fā)活動(dòng)，了解申報(bào)企業(yè)為從事研究開發(fā)活動(dòng)而進(jìn)行的固定資產(chǎn)投入以及為這些投入而使用的資金的來源，了解申報(bào)企業(yè)是否確立了創(chuàng)建科技創(chuàng)新型企業(yè)的發(fā)展戰(zhàn)略，了解申報(bào)企業(yè)是否將高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入作為主要的業(yè)績考核指標(biāo)。

基于申請高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的目的，申報(bào)企業(yè)通常將近三個(gè)會(huì)計(jì)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表的專項(xiàng)審計(jì)同時(shí)委托給一家會(huì)計(jì)師事務(wù)所，《專項(xiàng)審計(jì)指引》要求，針對研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表分別出具專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。