不論企業(yè)以前年度財務報表是否委托注冊會計師進行審計，還是專項審計與年度財務報表審計是否為同一家會計師事務所承接，專項審計都可以按照《專項審計指引》獨立實施審計程序。如果結(jié)合以前年度財務報表審計，確定的重要性水平應當?shù)陀谙鄳攧請蟊韺徲嫷闹匾运?，確定審計范圍時應當考慮擬利用以前年度財務報表審計工作中獲取的審計證據(jù)的程度。需要注意的是，應當結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量兩方面的因素。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)，在專項審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術(shù)負責人與企業(yè)法定代表人、財務負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應當清楚地說明向具體審計領域調(diào)配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術(shù)問題利用專家的工作。

與高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入相關的內(nèi)部控制包含在企業(yè)產(chǎn)品或服務的銷售控制中，而如高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入與研究開發(fā)激勵或與銷售獎勵相關聯(lián)時，企業(yè)一般會設計或增加相應的控制環(huán)節(jié)。注冊會計師審計時，需要了解申報企業(yè)能否確保銷售均已準確記錄并對高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)進行恰當分類。

高新審計依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認定辦法相關規(guī)定，企業(yè)申請高新認定，需要對近三年的財務狀況、研發(fā)費用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品(服務)收入情況進行審計，出具審計專項報告和年度審計報告。

會計師會結(jié)合企業(yè)情況，給出一份準備材料的清單。主要是企業(yè)的資產(chǎn)負債表、損益表、總賬、明細賬、科目余額表(到末級科目)、財務憑證、公司的執(zhí)照、章程等等。