高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定審計(jì)肯定是在高新技術(shù)企業(yè)的基礎(chǔ)上才能去操作的，所以，想要申報(bào)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定審計(jì)，首先需要認(rèn)定企業(yè)為高新技術(shù)企業(yè)。一定要先認(rèn)定為高新技術(shù)企業(yè)，才能申報(bào)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定審計(jì)。

高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對(duì)近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告。該報(bào)告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財(cái)政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會(huì)等相關(guān)。

無論是研究開發(fā)費(fèi)用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項(xiàng)審計(jì)中都涉及高新技術(shù)的識(shí)別。注冊(cè)會(huì)計(jì)師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項(xiàng)審計(jì)指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當(dāng)界定研究開發(fā)項(xiàng)目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報(bào)企業(yè)的責(zé)任。

(2)申報(bào)企業(yè)技術(shù)負(fù)責(zé)人與企業(yè)法定代表人、財(cái)務(wù)負(fù)責(zé)人共同簽署《管理當(dāng)局聲明書》。

但《專項(xiàng)審計(jì)指引》也規(guī)定，制定總體審計(jì)策略時(shí)，應(yīng)當(dāng)清楚地說明向具體審計(jì)領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復(fù)雜的研究開發(fā)項(xiàng)目技術(shù)問題利用專家的工作。

在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費(fèi)用支出相關(guān)的內(nèi)部控制。《專項(xiàng)審計(jì)指引》強(qiáng)調(diào)研究開發(fā)費(fèi)用控制通常屬于申報(bào)企業(yè)費(fèi)用和成本控制的重要組成部分，要求注冊(cè)會(huì)計(jì)師在對(duì)研究開發(fā)費(fèi)用控制進(jìn)行了解時(shí)，需要考慮那些影響研究開發(fā)費(fèi)用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點(diǎn)。同時(shí)，《專項(xiàng)審計(jì)指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通?？赡馨ǖ闹饕顒?dòng)，如立項(xiàng)和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項(xiàng)管理等。