高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對(duì)近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告。該報(bào)告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財(cái)政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會(huì)等相關(guān)。

不論企業(yè)以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表是否委托注冊(cè)會(huì)計(jì)師進(jìn)行審計(jì)，還是專項(xiàng)審計(jì)與年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)是否為同一家會(huì)計(jì)師事務(wù)所承接，專項(xiàng)審計(jì)都可以按照《專項(xiàng)審計(jì)指引》獨(dú)立實(shí)施審計(jì)程序。如果結(jié)合以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)，確定的重要性水平應(yīng)當(dāng)?shù)陀谙鄳?yīng)財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)的重要性水平，確定審計(jì)范圍時(shí)應(yīng)當(dāng)考慮擬利用以前年度財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)工作中獲取的審計(jì)證據(jù)的程度。需要注意的是，應(yīng)當(dāng)結(jié)合具體環(huán)境考慮重要性的性質(zhì)和數(shù)量?jī)煞矫娴囊蛩亍?/p>

在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費(fèi)用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ?xiàng)審計(jì)指引》強(qiáng)調(diào)研究開發(fā)費(fèi)用控制通常屬于申報(bào)企業(yè)費(fèi)用和成本控制的重要組成部分，要求注冊(cè)會(huì)計(jì)師在對(duì)研究開發(fā)費(fèi)用控制進(jìn)行了解時(shí)，需要考慮那些影響研究開發(fā)費(fèi)用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點(diǎn)。同時(shí)，《專項(xiàng)審計(jì)指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通?？赡馨ǖ闹饕顒?dòng)，如立項(xiàng)和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項(xiàng)管理等。

基于申請(qǐng)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的目的，申報(bào)企業(yè)通常將近三個(gè)會(huì)計(jì)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表的專項(xiàng)審計(jì)同時(shí)委托給一家會(huì)計(jì)師事務(wù)所，《專項(xiàng)審計(jì)指引》要求，針對(duì)研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表分別出具專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。