高新技術(shù)企業(yè)專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對(duì)近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專(zhuān)項(xiàng)報(bào)告。該報(bào)告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財(cái)政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會(huì)等相關(guān)。

高新技術(shù)企業(yè)專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)工作從業(yè)務(wù)承接到完成通常要經(jīng)過(guò)以下步驟：

1、會(huì)計(jì)師事務(wù)所和高新技術(shù)企業(yè)專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)單位進(jìn)行初步溝通了解，確定高新技術(shù)企業(yè)專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)目的、審計(jì)范圍、審計(jì)收費(fèi)等；并簽訂業(yè)務(wù)約定書(shū)；

2、會(huì)計(jì)師事務(wù)所安排項(xiàng)目組，下發(fā)委托方高新技術(shù)企業(yè)專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)準(zhǔn)備的資料清單；

3、被審高新技術(shù)企業(yè)專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)單位按照資料清單準(zhǔn)備相關(guān)審計(jì)資料，并確定現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)時(shí)間。

4、現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)階段；

5、審計(jì)情況匯總和形成審計(jì)報(bào)告初稿；

6、與被審高新技術(shù)企業(yè)專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)單位交換意見(jiàn)；

7 、出具正式審計(jì)報(bào)告。

無(wú)論是研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)中都涉及高新技術(shù)的識(shí)別。注冊(cè)會(huì)計(jì)師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專(zhuān)家，《專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當(dāng)界定研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報(bào)企業(yè)的責(zé)任。

(2)申報(bào)企業(yè)技術(shù)負(fù)責(zé)人與企業(yè)法定代表人、財(cái)務(wù)負(fù)責(zé)人共同簽署《管理當(dāng)局聲明書(shū)》。

但《專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)指引》也規(guī)定，制定總體審計(jì)策略時(shí)，應(yīng)當(dāng)清楚地說(shuō)明向具體審計(jì)領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復(fù)雜的研究開(kāi)發(fā)項(xiàng)目技術(shù)問(wèn)題利用專(zhuān)家的工作。

1.申請(qǐng)企業(yè)自主選擇第三方審計(jì)機(jī)構(gòu)委托業(yè)務(wù)(基于對(duì)審計(jì)機(jī)構(gòu)業(yè)務(wù)資質(zhì)、服務(wù)團(tuán)隊(duì)、客戶(hù)口碑的充分了解)；

2.審計(jì)代理公司與申請(qǐng)公司進(jìn)行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計(jì)目的和范圍，再由審計(jì)公司對(duì)申請(qǐng)企業(yè)的審計(jì)風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行專(zhuān)業(yè)評(píng)估；

3.評(píng)估通過(guò)后，雙方簽訂正式的審計(jì)服務(wù)協(xié)議，明確審計(jì)費(fèi)用、雙方的權(quán)利和責(zé)任，并進(jìn)行初步數(shù)據(jù)交接；

4.審計(jì)代理公司應(yīng)當(dāng)成立專(zhuān)門(mén)的項(xiàng)目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術(shù)企業(yè)專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)所需材料清單；

5.申請(qǐng)人應(yīng)根據(jù)資料清單準(zhǔn)備相關(guān)審核材料；

6.審計(jì)代理公司審計(jì)工作組根據(jù)企業(yè)數(shù)據(jù)制定高新技術(shù)企業(yè)具體審計(jì)工作方案，為審計(jì)工作的實(shí)施打下良好基礎(chǔ)；

7.與被審計(jì)企業(yè)確定現(xiàn)場(chǎng)審計(jì)時(shí)間并出具審計(jì)通知書(shū)；

8.審核員進(jìn)入現(xiàn)場(chǎng)，審核企業(yè)提供的審核資料，對(duì)期間發(fā)現(xiàn)的審核問(wèn)題進(jìn)行詳細(xì)記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計(jì)工作底稿，并在此基礎(chǔ)上形成初步意見(jiàn)；

10.與被審計(jì)企業(yè)交換審計(jì)意見(jiàn)；

11.在雙方一致同意的基礎(chǔ)上，為高新技術(shù)企業(yè)出具專(zhuān)項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。