1、凡擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)認定的企業(yè)，均需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計；

2、由于高新技術企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年，期滿前三個月內企業(yè)應提出復審申請，不提出復審申請或復審不合格的，其高新技術企業(yè)資格到期自動失效。

所以凡擬向有關部門申請進行高新技術企業(yè)復審的企業(yè)，均需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計。

因此，不管是初次申報還是復審，都需要進行高新技術企業(yè)認定專項審計。

基于申請高新技術企業(yè)認定的目的，申報企業(yè)通常將近三個會計年度研究開發(fā)費用結構明細表和近一年高新技術產品(服務)收入明細表的專項審計同時委托給一家會計師事務所，《專項審計指引》要求，針對研究開發(fā)費用結構明細表和高新技術產品(服務)收入明細表分別出具專項審計報告。

對于市場中的企業(yè)來說，其大多知曉企業(yè)申請成為高新技術企業(yè)的重要意義。并且，企業(yè)申請成為高新技術企業(yè)，具備諸多好處和優(yōu)勢。因此，很多符合條件和要求的企業(yè)，都會有著申請成為高新技術企業(yè)的意愿與訴求。而這，就需要開展高新技術企業(yè)審計。

1.申請企業(yè)自主選擇第三方審計機構委托業(yè)務(基于對審計機構業(yè)務資質、服務團隊、客戶口碑的充分了解)；

2.審計代理公司與申請公司進行初步溝通了解，確定企業(yè)的審計目的和范圍，再由審計公司對申請企業(yè)的審計風險進行專業(yè)評估；

3.評估通過后，雙方簽訂正式的審計服務協議，明確審計費用、雙方的權利和責任，并進行初步數據交接；

4.審計代理公司應當成立專門的項目組，向受委托企業(yè)發(fā)放高新技術企業(yè)專項審計所需材料清單；

5.申請人應根據資料清單準備相關審核材料；

6.審計代理公司審計工作組根據企業(yè)數據制定高新技術企業(yè)具體審計工作方案，為審計工作的實施打下良好基礎；

7.與被審計企業(yè)確定現場審計時間并出具審計通知書；

8.審核員進入現場，審核企業(yè)提供的審核資料，對期間發(fā)現的審核問題進行詳細記錄，形成審核工作底稿；

9.審核審計工作底稿，并在此基礎上形成初步意見；

10.與被審計企業(yè)交換審計意見；

11.在雙方一致同意的基礎上，為高新技術企業(yè)出具專項審計報告。