高新技術(shù)企業(yè)專項審計工作從業(yè)務(wù)承接到完成通常要經(jīng)過以下步驟：

1、會計師事務(wù)所和高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位進行初步溝通了解，確定高新技術(shù)企業(yè)專項審計目的、審計范圍、審計收費等；并簽訂業(yè)務(wù)約定書；

2、會計師事務(wù)所安排項目組，下發(fā)委托方高新技術(shù)企業(yè)專項審計準備的資料清單；

3、被審高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位按照資料清單準備相關(guān)審計資料，并確定現(xiàn)場審計時間。

4、現(xiàn)場審計階段；

5、審計情況匯總和形成審計報告初稿；

6、與被審高新技術(shù)企業(yè)專項審計單位交換意見；

7 、出具正式審計報告。

申報明細表與年度財務(wù)報表相關(guān)聯(lián)，是指企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一年高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細表的相關(guān)數(shù)據(jù)包含在已審計的年度財務(wù)報表中，兩者適用的會計準則或會計制度是一致的，在相關(guān)會計政策、會計估計方面不存在差異。

無論是研究開發(fā)費用，還是高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))，在專項審計中都涉及高新技術(shù)的識別。注冊會計師不是高新技術(shù)領(lǐng)域的專家，《專項審計指引》為此做了如下規(guī)定：

(1)恰當界定研究開發(fā)項目、高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))的具體范圍是申報企業(yè)的責任。

(2)申報企業(yè)技術(shù)負責人與企業(yè)法定代表人、財務(wù)負責人共同簽署《管理當局聲明書》。

但《專項審計指引》也規(guī)定，制定總體審計策略時，應(yīng)當清楚地說明向具體審計領(lǐng)域調(diào)配的資源，包括就復雜的研究開發(fā)項目技術(shù)問題利用專家的工作。

要求針對研究開發(fā)項目和高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))了解申報企業(yè)及其環(huán)境，比如，了解申報企業(yè)產(chǎn)品(服務(wù))的技術(shù)變化，了解申報企業(yè)研究開發(fā)部門的設(shè)置和分布，以及是否存在專門的機構(gòu)和人員從事研究開發(fā)活動，了解申報企業(yè)為從事研究開發(fā)活動而進行的固定資產(chǎn)投入以及為這些投入而使用的資金的來源，了解申報企業(yè)是否確立了創(chuàng)建科技創(chuàng)新型企業(yè)的發(fā)展戰(zhàn)略，了解申報企業(yè)是否將高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入作為主要的業(yè)績考核指標。