1.在成立時間上的變化
過去是注冊一年以上的居民企業(yè)，指的是一個會計年度；現(xiàn)在是企業(yè)申請認(rèn)定時須注冊成立一年以上。
2.在知識產(chǎn)權(quán)上強(qiáng)調(diào)企業(yè)的所有權(quán)
(1)取消了企業(yè)通過專利獨(dú)占許可獲得的知識產(chǎn)權(quán) ；
(2)取消了近3年產(chǎn)生的知識產(chǎn)權(quán)的限制；
(3)把知識產(chǎn)權(quán)劃分為Ⅰ類和Ⅱ類，強(qiáng)調(diào)對主要產(chǎn)品的支撐；
(4)調(diào)整動植物新品種權(quán)的權(quán)重，視為發(fā)明專利（Ⅰ類）；增加了新藥證書為知識產(chǎn)權(quán)（Ⅰ類）；
在提供知識產(chǎn)權(quán)證明時，不僅要提供授權(quán)證書，還要對主要產(chǎn)品（服務(wù)）在技術(shù)上發(fā)揮核心支持作用的知識產(chǎn)權(quán)的詳細(xì)說明。
雷區(qū)一 根據(jù)專利名稱確定研發(fā)項(xiàng)目。
一般企業(yè)直接根據(jù)專利名稱確定研發(fā)項(xiàng)目，項(xiàng)目名稱與專利名稱完全一致，根據(jù)新的工作指引，研究發(fā)活動是指為獲得科學(xué)與技術(shù)新知識，創(chuàng)造性運(yùn)用科學(xué)技術(shù)新知識，或?qū)嵸|(zhì)性改進(jìn)技術(shù)、產(chǎn)品（服務(wù)）、工藝而持續(xù)進(jìn)行的具有明確目標(biāo)的活動。
如果僅僅以專利名稱命名研發(fā)項(xiàng)目，太狹隘，體現(xiàn)不了企業(yè)新技術(shù)應(yīng)用性，而且容易造成對先有研發(fā)再有專利還是先有專利再有研發(fā)的模糊認(rèn)識，現(xiàn)在普遍的是專利的申請日期比企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目開始時間還早，這讓專家如何評審。
編制研發(fā)項(xiàng)目RD表照搬專利說明書在編制研發(fā)項(xiàng)目RD表中的核心技術(shù)與創(chuàng)新點(diǎn)時，照搬專利說明書，有的像做裝置的企業(yè)完全照搬專利說明書中的結(jié)構(gòu)說明，甚者連說明書中的“所述“二字都未去除，RD表中的取得階段性成果，在評審過程中已達(dá)成共識，一致認(rèn)為是在項(xiàng)目周期內(nèi)取得專利或技術(shù)訣竅等知識產(chǎn)權(quán)。
雷區(qū)二 知識產(chǎn)權(quán)
知識產(chǎn)權(quán)技術(shù)性不強(qiáng)
新的工作指引將知識產(chǎn)權(quán)進(jìn)行了分類發(fā)明專利、植物新品種、農(nóng)作物品種、新藥、中藥保護(hù)品種、集成電路等劃為Ⅰ類；實(shí)用新型、外觀設(shè)計、軟件著作權(quán)等（不含商標(biāo)）劃為Ⅱ類。
特別強(qiáng)調(diào)了發(fā)明專利的重要性，部分企業(yè)是純粹為了申報高企而報專利，全部是實(shí)用新型，報的專利技術(shù)性不強(qiáng)，更有甚者由專利事務(wù)所直接編，造成了知識產(chǎn)權(quán)與研發(fā)項(xiàng)目和產(chǎn)品的關(guān)鍵技術(shù)完全不搭界，張冠李戴。
科技成果描述過于單一，與產(chǎn)品相關(guān)性不強(qiáng)
新的工作指引對科技成果轉(zhuǎn)化形式進(jìn)行了多樣化，豐富了企業(yè)將研發(fā)的技術(shù)成果進(jìn)行產(chǎn)業(yè)化的方式，并要求年平均轉(zhuǎn)化5項(xiàng)以上，在高企申報，還需要將企業(yè)的科技成果進(jìn)行描述，要描述出技術(shù)成果是什么，怎么轉(zhuǎn)化的，應(yīng)用在哪個產(chǎn)品中，應(yīng)用的效果如何，是否產(chǎn)生收益。
2016年通過了解很多企業(yè)在此處丟失城墻，且不說數(shù)量，首先知識產(chǎn)權(quán)跟項(xiàng)目和產(chǎn)品嚴(yán)重不匹配，明明成果與產(chǎn)品不相關(guān)硬要扯上關(guān)系。
在申報過程中對產(chǎn)品描述不清，技術(shù)性不強(qiáng)，佐證材料五花八門的情況
在企業(yè)認(rèn)定過程中還存在著企業(yè)產(chǎn)品型號眾多，有的可能幾百個型號，這就對企業(yè)自己歸集高新收入時產(chǎn)生了困難，非標(biāo)產(chǎn)品如何提供佐證材料也讓企業(yè)頭疼，這就造成了在申報過程中對產(chǎn)品描述不清，技術(shù)性不強(qiáng)，佐證材料五花八門的情況。
未設(shè)置研發(fā)支出輔助賬，企業(yè)審計報表與納稅申報表不一致
員要求做了較大的調(diào)整，去除了大專以上學(xué)歷要求，科技人員也由30%降為了10%。
此次調(diào)整對企業(yè)來說是好事，但是卻加強(qiáng)了企業(yè)社保人員的檢查力度，尤其是鄉(xiāng)鎮(zhèn)科技型企業(yè)，由于人員資質(zhì)較弱，將面臨極大的挑戰(zhàn)。