蛋白帶模糊不清和分辨不佳是由于多種原因引起的。雖然梯度凝膠可以提高分辨率，但與其他方法相比，常規(guī)聚丙烯酰胺凝膠電泳是分辨率較低的方法。為了提高分辨率，不要加過(guò)多的樣品，小體積樣品可給出窄帶。加樣后應(yīng)立即電泳，以防止擴(kuò)散。

蛋白帶偏斜常常是由于濾紙條或電極放置不平行所引起的，或由于加樣位置偏斜而引起。 蛋白帶過(guò)寬，與鄰近蛋白泳道的蛋白帶相連，這是由于加樣量太多或加樣孔泄漏引起的。

聚丙烯酰胺凝膠電泳可用于蛋白質(zhì)定量。電泳后的凝膠經(jīng)凝膠掃描儀掃描，從而給出定量的結(jié)果.凝膠掃描儀主要用于對(duì)樣品單向電泳后的區(qū)帶和雙向電泳后的斑點(diǎn)進(jìn)行掃描。 瓊脂或瓊脂糖凝膠免疫電泳可用于①檢查蛋白質(zhì)制劑的純度；②分析蛋白質(zhì)混合物的組分；③研究抗血清制劑中是否具有抗某種已知抗原的抗體；④檢驗(yàn)兩種抗原是否相同.

制膠時(shí)在凝膠溶液中放一個(gè)塑料梳子，在膠聚合后移去，形成上樣品的凹槽。水平式電泳，凝膠鋪在水平的玻璃或塑料板上，用一薄層濕濾紙連接凝膠和電泳緩沖液，或?qū)⒛z直接浸入緩沖液中。由于pH值的改變會(huì)引起帶電分子電荷的改變，進(jìn)而影響其電泳遷移的速度，所以電泳過(guò)程應(yīng)在適當(dāng)?shù)木彌_液中進(jìn)行的，緩沖液可以保持待分離物的帶電性質(zhì)的穩(wěn)定。