無菌實驗室設計的各項建筑物應堅固耐用、易于維修、易于清潔，并有能防止食品、食品接觸面及內(nèi)包裝材料遭受污染(如有害動物的侵入、棲息、繁殖等)的結(jié)構(gòu)。

為防止交叉污染，應分別設置人員通道及物料運輸通道，人員通道應按潔凈室通道要求嚴格執(zhí)行，各通道應裝有空氣幕(即風幕)或雙向彈簧門及電子滅蠅(蚊)器等防蟲設施。

須將通向外界的管路、門窗和通風道四周的空隙完全充填，所有窗戶、通風口和風機開口均應裝上防護網(wǎng)。

無菌實驗室的高度應能滿足工藝、衛(wèi)生要求，以及設備安裝、維護、保養(yǎng)的需要。

無菌實驗室專辟于微生物實驗室內(nèi)，室外室內(nèi)裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環(huán)境和無菌材料后，只有保持無菌狀態(tài)，才能對某種特定的已知微生物進行研究。所以控菌能力和控菌穩(wěn)定性是無菌室的核心驗收指標。業(yè)內(nèi)通行的驗收標準為100級潔凈區(qū)平板雜菌數(shù)平均不得超過1個菌落，10000級潔凈室平均不得超過3個菌落，在通行標準之外，還應該定期保養(yǎng)與維護。只有建設時合理的選材指標，合適凈化等級和長期管理與維護，才能使無菌實驗室發(fā)揮其應有的作用。

由于潔凈實驗室-生物實驗室的特殊性，除了進行嚴格的設計、施工、調(diào)試外，為確保其性，必須對其進行必要的工程檢測和嚴格的驗收，達到要求和使用要求后才可投入運行。另外，使用過程中的一些因素，如非專業(yè)的管理和使用，過濾器的更換等，都會對實驗室的性產(chǎn)生影響，因此，使用中的定期檢測與同樣重要。